То, что в речах его была какая-то правда, Рим не взволновало: он давно привык к суровым фанатикам, однако Савонарола стал политически опасен. Он приветствовал Карла VIII: «как я давно предсказывал», король послан нам Богом, он излечит Италию и реформирует церковь. Выступление в поддержку французов оказалось губительным для провидца, поскольку делало его угрозой новым правителям Флоренции, да и папа обратил на него неблагосклонное внимание. Флорентийские власти требовали разобраться с фанатиком, но Александр VI не хотел народных волнений и принял меры, только когда Савонарола во весь голос потребовал созвать собор, дабы на нем сместить папу за симонию.
Поначалу Александр VI попытался утихомирить Савонаролу без шума, попросту запретив ему проповедовать, но речи, в которых звучал голос Бога, так просто не заглушить. Савонарола нарушил папский запрет на том основании, что Александр VI — преступник и не может называться «святейшим отцом», он уже более не христианин. Он неверный, еретик, а потому и не папа. Александр VI отлучил фанатика от церкви, но Савонарола и тут не послушался, а отслужил мессу. Александр приказал флорентийским властям самим заткнуть проповеднику рот, пригрозив в случае ослушания отлучить от церкви весь город. Чтобы установить истинность учения Савонаролы, был назначен суд Божий — испытание огнем. Однако испытание не состоялось — и настроение толпы обратилось против проповедника. Флорентийские власти заточили Савонаролу в тюрьму и пытками добивались у него признания в том, что все его пророчества — обман и ересь. Не добившись ничего, светские власти приговорили его к смерти. Под улюлюканье толпы в 1498 году Савонарола был повешен, а тело его сожжено. Гром стих, но враждебность к церковной иерархии осталась.
Тему подхватили странствующие проповедники, отшельники и монахи. Некоторые из них были фанатиками, некоторые сумасшедшими, но все испытывали отвращение к церкви, и это соответствовало настроениям народа. Всякий, кто брал на себя миссию проповедовать реформу, был уверен, что слушатели найдутся. Это был не новый феномен, а вид развлечения для простого народа, один из немногих, какие у него имелись. Проповедники из мирян и странствующие монахи издавна ходили из города в город, привлекая целые толпы. Люди часами внимательно слушали их на площадях, ибо в церкви столько народа не помещалось. Говорят, в 1448 году пятнадцать тысяч человек пришли послушать знаменитого францисканца Роберто да Лечче. В Перудже он обратился к народу с четырехчасовой проповедью. Проповеди обличали пороки того времени, призывали людей не грешить, стараться, по возможности, вести праведную жизнь. К проповедникам прислушивались, их речи обычно заканчивались массовым «обращением» и подарками оратору. Любимым пророчеством этого века был приход «ангельского папы», который начнет реформу, а за ней — как обещал Савонарола — настанет лучший мир. Группа примерно из двадцати флорентийских рабочих выбрала собственного «папу», который сказал своим приверженцам, что пока нет реформы, на исповедь ходить бесполезно, потому что в церкви нет достойных священников. Его слова распространились как знак наступления больших перемен.