Скандальность семейных дел Борджиа достигла нового размаха. Решив, что в его интересах будет брачный союз с королевской семьей Неаполя, Александр VI аннулировал брак своей дочери Лукреции с Джованни Сфорца, чтобы выдать ее за неаполитанского наследника Альфонсо. Возмущенный муж яростно отвергал утверждение о том, что консуммация не состоялась, он публично сопротивлялся разводу, однако под тяжким политическим и финансовым давлением, которое оказывал на него папа, вынужден был покориться и даже вернул жене ее приданое. Лукрецию выдали замуж за нового мужа-красавца, которого она, судя по всему, искренно любила, но оскорбление, нанесенное Сфорца, и нарушение святости брака еще сильнее подорвали репутацию Александра VI. Джованни Сфорца к тому же заявил, что Александр VI испытывает непотребную страсть к собственной дочери. Подтвердить это было трудно из-за очень скоро заключенного второго брака Лукреции, но эта история помогла распространению еще более зловещих слухов, окружавших Александра VI, правдоподобия им к тому же добавляли пороки сына папы, Чезаре.
В тот год, когда Лукреция снова вышла замуж, старшего сына папы Хуана, герцога Гандии, обнаружили утром в Тибре, на его трупе остались следы девяти ударов кинжала. У Хуана было много врагов, поскольку отец подарил ему немалую долю папской собственности. Убийцу так и не нашли. Тайна оставалась неразгаданной, люди шептались, и все больше подозрений падало на Чезаре. Они основывались на желании последнего сделаться фаворитом отца, ходили слухи и об инцесте брата и сестры. В булькающей похлебке римских слухов от семьи Борджиа могли ждать чего угодно (хотя историки впоследствии признали Чезаре невиновным в убийстве брата).
Александр VI был оглушен горем, а возможно, и напуган смертью сына, его охватили угрызения совести, и он погрузился в неожиданный, редкий для него самоанализ. «Самая большая опасность для любого папы, — сказал он кардиналам, — в том, что, окруженный льстецами, он никогда не слышит правды о собственной персоне и заканчивает тем, что не хочет ее слышать». Это было неслыханное высказывание для автократа. Испытывая моральный кризис, папа признал, что удар, от которого он пострадал, был карой Господней за его грехи и теперь он намерен изменить свою жизнь и провести реформу церкви. «Мы начнем с того, что реформируем себя, а потом охватим реформой всю церковь — сверху и до самого низа, пока работа не будет завершена». Он тотчас назначил комиссию из нескольких самых уважаемых кардиналов и поручил им написать программу, но, дальше сокращения множественных бенефиций дело не пошло. Предложенные меры требовали от кардиналов урезания их доходов, уменьшения численности придворных — не более восьмидесяти (из которых, по меньшей мере, двенадцать должны быть священниками) и сокращения конного эскорта до тридцати всадников. За столом они должны были довольствоваться одним вареным и одним жареным мясным блюдом, свободное время следовало проводить за чтением Священного писания, а от музыкантов и актеров надлежало отказаться. Кардиналам не дозволялось принимать участие в турнирах и карнавалах, посещать светские спектакли и нанимать мальчиков-пажей. Вероятно, предложение о том, что в течение десяти дней после публикации буллы о реформе надо будет отказаться от всех любовниц, заставило святейшего отца иначе взглянуть на программу комиссии. А рекомендации о созыве собора для осуществления реформ оказалось достаточно, чтобы вернуть папу в прежнее состояние ума. Предполагаемая булла — «In apostolicae sedis specula» — так и не была издана, и вопрос о реформе отпал.