С конца 1980-х годов доктор Наранхо делит свое время между зарубежными поездками и писательской деятельностью у себя дома в Беркли. Среди его многочисленных публикаций — несколько книг по гештальттерапии, а также растущее количество произведений о применении метода эннеаграммы для развития личности («Характер и невроз», «Трансформирующее самопознание», «Эннеаграмма общества»), новая книга о медитации («Между медитацией и психотерапией») и «Песни пробуждения» — интерпретация великих книг западной цивилизации о внутреннем пути и вариаций рассказов о герое. Им также написано несколько книг социально-политического содержания: в «Агонии патриархата» (предшествующей книгам «Вылечить цивилизацию», и «Патриархальный разум») впервые дается интерпретация мирового кризиса как выражение психокультурного феномена, присущего нашей цивилизации, когда женское начало и детская инстинктивность обесцениваются и подавляются культурой воинов, и предложено возможное решение этой проблемы через гармоничное развитие трёх частей мозга.
Некоторое время назад Клаудио Наранхо координировал создание книги «27 персонажей в поисках себя», в которой вместе с командой коллег-психотерапевтов писал о неизученном предмете — 27 подтипах в психологии эннеатипов; готовил ещё несколько книг по эннеаграмме и другим темам. Недавно вышла его книга «Айяуаска, лиана небесной реки», в которой собран материал 50-летних исследований о применении в психотерапии этого амазонского средства.
Начиная с конца 1990-х годов Клаудио Наранхо принимал участие во многих образовательных конференциях и стремился повлиять на трансформацию системы образования в различных странах, так как убежден в том, что нет ничего более обнадеживающего с точки зрения социальной эволюции, чем коллективное поощрение индивидуальной мудрости, сострадания и свободы. Книга Клаудио Наранхо «Изменить образование, чтобы изменить мир», опубликованная в Испании в 2004 году, призвана стимулировать усилия преподавателей среди выпускников SAT, участвующих в проекте «SAT-Образование», который предлагает учителям и ученикам в школах дополнительную учебную программу по самопознанию, оздоровлению взаимоотношений с родителями и постижению духовной культуры и в целом программу воспитания для воспитателей и просвещения для просветителей. Как признание его заслуг Университет Удине (Италия) присвоил ему в 2005 году звание почетного доктора педагогики.
В 2006 году был создан Фонд Клаудио Наранхо, его цель — внедрение предложений профессора Наранхо по изменению сложившейся системы образования. Он считает: образование не должно забывать о развитии человеческого потенциала, ибо от него зависит наша социальная эволюция.