Боевую рубку для большей неуязвимости уже в ходе постройки решили вместо эллиптической сделать круглой (внутренним диаметром 1,37 м), а бронирование усилить с 89 до 1 14 мм.
Несмотря на возрастающую перегрузку, 25,4-мм бронирование верхней палубы распространили и на. оконечности; крышки машинных люков снабдили усиленным набором, а их толщину с 25.4 увеличили до 37 мм.
Принципиально новым решением явилась принятая затем броневая защита дымоходов, во избежание повреждений котлов осколками снарядов. С этой целью дымовую трубу на "Смерче" обнесли кожухом из четырех плит толщиной 25,4 мм и высотой 1,22 м от верхней палубы. Для возможности съемки с якоря под огнем противника шпиль на палубе заменили брашпилем, с проводкой цепи с верхней палубы.
По предложению контр-адмирала Г.И. Бутакова усовершенствовали и подачу снарядов к орудиям, применив для этого тельферное устройство, подвешенное к крыше башни, благодаря чему с подачей снаряда мог справляться один человек. Новшеством на корабле стали и телескопические мачты системы Кольза.
11 июня 1864 г. "Смерч" спустили на воду, а уже 5 сентября, готовый к плаванию, он начал кампанию, подняв Андреевский флаг и вымпел. 2 октября корабль покинул верфь и, преодолев бар Невы, вместе с мониторами "Стрелец" и "Единорог" пришел в Кронштадт. Испытания корабля пришлось отложить из-за необходимости замены в доке поврежденной лопасти гребного винта и поломки зубьев чугунных шестерен для вращения башен.
По предложению начальника броненосной эскадры контр-адмирала И.Ф. Лихачева переделали уже установленную боевую рубку так, чтобы ее визирные отверстия обеспечивали командиру круговой обзор поверх башен. Прежняя высота рубки, принятая в проекте на уровне башен по примеру "Рольф Краке", несмотря на неоднократные обсуждения конструкции и ее изменения, ни у кого замечаний не вызвала. Эта элементарная, казалось бы, ошибка — наглядный пример трудности решения многих вопросов в новом деле броненосного судостроения. На изменении конструкции рубки настаивал именно И.Ф. Лихачев — организатор броненосной эскадры, талантливый новатор флота.
После завершения отделочных работ в Кронштадте "Смерч" 31 мая 1865 г. приступил к ходовым испытаниям, длившимся до 5 июня. При осадке носом 2,97 и кормой 3,15 м, частоте вращения винтов 100–116 об/ мин суммарная индикаторная мощность машин составила 800 л.с., а скорость — около 8,3 узлов.
Первое плавание с эскадрой оказалось непродолжительным. 23 июля 1865 г. "Смерч", следуя финляндскими шхерами между островами Спаргольм и Стокгольм, ударился о необозначенный на карте подводный риф. Несмотря на немедленно задраенные двери носовой водонепроницаемой переборки, вода быстро распространилась по вентиляционным трубам, клапаны которых или оказались недостаточно надежными, или неплотно закрытыми.