Водоотливные средства не смогли справиться с поступавшей водой. Умело подведенный пластырь из обыкновенного паруса мог бы спасти корабль, но эскадра, как и все флоты мира, продолжавшие и после этого случая терять корабли даже от незначительных пробоин, еще не знала этого простого и надежного средства.
Благодаря наличию переборок "Смерч" продержался на воде два часа, однако его гибель послужила грозным предупреждением флоту и потребовала нового подхода к обеспечению кораблей средствами борьбы за живучесть и необходимости настойчивого обучения экипажей методам этой борьбы. Лишь приход на эскадру мичмана С.О. Макарова положил начало разработке учения о непотопляемости корабля.
20 августа 1865 г. "Смерч" подняли, применяя впервые мягкие резиновые понтоны, разработанные А.Ф. Александровским — создателем испытывавшейся в те годы в Кронштадте первой отечественной подводной лодки с механическим (пневматическим) двигателем.
Опыт проектирования и постройки "Смерча" еще раз успешно проявился в 1866 г. при конструировании башен для других аналогичных кораблей.
Непрекращавшиеся в Англии нападки прессы на башни системы Кольза смутили даже генерал-адмирала Константина, отдавшего приказ о разработке доморощенной башни "на штырь". В этой конструкции основная тяжесть башни передавалась на раскрепленный под ней штырь, служивший для предупреждения смещения башни в катках. Но участие в проектных работах самого Кольза и авторитетное мнение адмирала Г.И. Бутакова, позволили усовершенствовать систему катков и ''вращательного аппарата" и не возвращаться к башням Эриксона.
Восстановленный "Смерч" вошел в состав броненосной эскадры под командованием вице-адмирала Г.И. Бутакова. В те годы она стала подлинной школой новой тактики возрождавшегося после Крымской войны на базе качественно новой техники русского флота, школой передового опыта нового броненосного судостроения, кузницей кадров, полигоном для испытания новейшей техники.
В напряженных морских учениях и походах под руководством замечательных адмиралов — организатора эскадры И.Ф. Лихачева и создателя "Новых оснований пароходной тактики" Г.И. Бутакова, корабли и флот в целом неуклонно наращивали боевую мощь, а экипажи учились наилучшим образом использовать боевые и технические возможности своих кораблей. Все это не замедлило сказаться на усилении военно-морской мощи России, о которой герой гражданской войны в США адмирал Д. Фаррагут заявил: "русский флот в короткий срок достиг такой силы, что ему некого теперь опасаться".
Единственная на флоте двухбашенная броненосная лодка "Смерч" — наиболее совершенная и перспективная из входивших в состав эскадры кораблей — занимала передовое место и в учениях и в плаваниях. Отличным примером изыскания технических резервов корабля стало использование на "Смерче" вспомогательного котла для питания паром главной машины, благодаря чему, как отмечал Г.И. Бутаков в приказе по эскадре, корабль обгонял даже большие броненосцы.