25 июля 1687 г. на раде под Коломаком при содействии князя Голицына гетманскую булаву на Левобережье принял Иван Мазепа. (По поручению Самойловича Мазепа с 1679 г. ежегодно посещал Москву. Гму удалось завоевать благосклонность царевны Софьи и ее фаворита Голицына. По утверждению историкаН.И. Костомарова, представитель Украины участвовал в интригах последнего против Самойловича, что в конечном итоге привело к его свержению. В Государственном архиве России сохранилась записка нового гетмана, свидетельствующая, что за содействие в получении должности тот дал князю Голицыну взятку: 11 тысяч рублей червонцами и ефимками, более трех пудов серебряной посуды, драгоценных вещей на 5 тысяч рублей и трех турецких коней с убором.)
В 1699 г. Гетманщина на Правобережье упразднена Польшей окончательно. Она сохранилась только в пределах Левобережной Украины, входившей в состав Российского государства на правах автономии, включавшей тогда нынешние украинские, российские и белорусские земли (хотя в 1704–1714 гг. левобережные гетманы Мазепа и Скоропадский контролировали также Правобережную Украину) и имевшей самостоятельную денежно-финансовую систему. С 1722 по 1750 годы Гетманщина на Левобережье ликвидировалась-восстанавливалась дважды и окончательно была упразднена Гкатериной II в 1764 г. в целях унификации малороссийских земель в составе империи, но прежде всего из экономических соображений.
Однако описанное выше — единичные и редкие случаи использования разведывательных методов в подготовке стратегически важных для Российского государства решений. В те годы информация о событиях за рубежом отсутствовала, а если и поступала в Москву, то с большим опозданием. Посольский приказ выпускал рукописный бюллетень «Куранты» тиражом в 20 экземпляров. Источником для издания служили немецкие, польские, голландские газеты, другие послания из-за границы.
Глубокое осознание необходимости создания системы своих объективных источников информации за рубежом пришло к царю Алексею Михайловичу. Этому способствовали провалы посольских миссий стольника Чемоданова в Италии и царского посланника Потемкина в Испании.
Так, Чемоданов вез верительные грамоты герцогу Франциску, а оказалось, что Италия имела уже третьего преемника герцога. Потемкин же с аналогичной миссией в Испании с изумлением узнал, что король Филипп IV умер еще за два года до его прибытия. (Указанные исторические события, а также положительный результат миссии Матвеева на Украине подтолкнули царя к основанию в 1654 г. приказа тайных дел с его филиалом при гетмане Богдане Хмельницком — Малороссийским приказом тайных дел, имевшим центральное подчинение. С этой даты и начинается история разведслужбы Российской империи, в которой первоначально сосредотачивается управление всей разведкой (руководителями Приказа традиционно назначались дьяки: Д.М. Башмаков, Ф.М. Ртищев, Д.Л. Полянский и Ф. Михайлов). В Москве понимали: Речь Посполитая, столько лет державшая украинский народ в вассалах, просто так не откажется от своих притязаний на его территории, вошедшие в состав России. Существовала острая необходимость иметь полное представление о планах и устремлениях этого западного соседа.