Военно-учетное отделение в составе 14 человек занималось:
— сбором военной и военно-технической информации об иностранных государствах;
— руководством военными агентами за границей;
— руководством военно-учеными экспедициями, направляемыми для сбора сведений в приграничные районы России и прилегающие к ним страны.
Двухгодичный эксперимент себя оправдал.
31 декабря 1865 г. путем слияния Инспекторского департамента с Главным управлением Генерального штаба образован Главный штаб Военного министерства. В январе 1866 г. Главный штаб перешел на новые штаты. Для руководства ученой и топографической деятельностью создается Совещательный комитет, который поглотил бывшее 3-є военно-учетное отделение.
30 марта 1867 г. Совещательный комитет преобразован в Военно-ученый комитет Главного штаба. В нем на базе 3-го отделения создается канцелярия, ставшая вплоть до 1903 г. центральным органом российской военной разведки. Первым руководителем канцелярии Военно-учетного комитета стал генерал-адъютант Н. Обручев (с 1880 г. — управляющий Военно-учетным комитетом) — протеже военного министра Милютина. Азиатская часть так и осталась самостоятельным подразделением ГлШ. В 1869 г. она была переименована в Азиатское делопроизводство со штатом 2 человека: заведующий (полковник А.П. Проценко) и его заместитель.
В дальнейшем канцелярию возглавляли:
— генерал Фельдман Ф.А. (с 1881 по 1896 г.);
— генерал Соллогуб В.У. (с 1896 по 1900 г.);
— генерал Целебровский В.П. (с 1900 по 1903 г.).
С положительной стороны проявила себя оперативная агентурная разведка в Русско-турецкой войне 1877–1878 гг. До начала боевых действий руководство ОАР в Турции и на Балканах осуществлял полковник ГШ П.Д. Паренсов — офицер «по особым поручениям», признанный специалист разведывательного дела. Однако в декабре 1876 г. он по приказу главнокомандующего группировкой российских войск Бессарабии лично убыл под соответствующим легализационным прикрытием в Бухарест для организации сбора сведений о турках. Ему в помощь был выделен полковник Н.Д. Артамонов. На территории Румынии и Болгарии офицерам удалось создать эффективную резидентуру, состоящую из граждан разных национальностей, сотрудничающих с российской разведкой на идейной основе, многие из которых отказывались от денежного вознаграждения за свои услуги. Под контролем агентуры находились:
— перемещение судов по Дунаю;
— минные заграждения на Дунае;
— передвижение и численность турецких войск в Болгарии;
— фортификационные сооружения;
— продовольственные запасы;
— прибытие подкрепления из Египта.