Ядерные средства не ограничивались ракетами средней и промежуточной дальности. Два подразделения крылатых ракет («фронтовых крылатых ракет» — ФКР) также имели ядерные боеголовки. Министерство обороны приняло решение направить 80 таких ракет для защиты кубинского побережья и района, прилегающего к американской военной базе Гуантанамо. Ракеты ФКР имели дальность действия около 160 километров и мощность ядерной боеголовки, эквивалентную от 5,6 до 12 килотонн. Кроме того, ядерный потенциал на Кубе дополнял новейший, еще находящийся в стадии разработки мобильный тактический комплекс «Луна» (по кодировке НАТО, комплекс FROG) с ядерными боеголовками и дальностью полета ракет до 70 км.
На Кубе предполагалось иметь значительные силы военно-морского советского флота: эскадру подводных лодок, эскадру надводных кораблей, бригаду ракетных катеров, ракетный полк «Сопка», морской торпедный авиационный полк и отряд судов обеспечения.
Для обслуживания всего военного комплекса на Кубу по плану отправляли 50 874 человека военного персонала (реально на Кубе к началу кризиса — к 22 октября — находилось около 43 тысяч советских военнослужащих). В состав группы военнослужащих включались четыре моторизованных подразделения, два танковых батальона, эскадрилья истребителей МиГ-21, а также сорок два легких бомбардировщика Ил-28. Каждое моторизованное подразделение состояло из 2500 человек, а два танковых батальона оснащались новейшими советскими танками Т-55. Кроме того, на Кубу, согласно предложению маршала Сергея Бирюзова, командовавшего ракетными войсками и силами ПВО, направлялись подразделения крылатых ракет, несколько батарей зенитных орудий, оснащенных системами ПВО, комплексом «Двина» С-75, который, имея дальность поражения цели до 43 км, позволял сбивать высотные самолеты-разведчики, — всего 12 подразделений таких ракет (или, по классификации НАТО, — SA-2, с 144 пусковыми установками).
В июле 1962 года на Кубу, в Гавану, прибыл генерал армии Исса Плиев (работал под псевдонимом Иван Павлов), назначенный командующим группировкой советских войск на Кубе. И. А. Плиев — кавалерист, командовавший в годы Великой Отечественной войны кавалерийскими и конно-механизированными группировками, с 1958 г. — командующий войсками Северо-Кавказского военного округа.
Именно ему пришлось организовывать вооруженное подавление волнений в Новочеркасске в мае — июне 1962 г. Выбор его в качестве командующего советскими войсками на Кубе объяснялся, вероятно, тем, что Исса Плиев имел опыт управления войсками в условиях горного и субтропического климата.