Разногласия с МТК возникли и при рассмотрении 20 октября ведомости заказа брони. МТК не согласился с мнением Главного корабельного инженера о бесполезности бронирования горизонтальной плоскости кормового подзора, а также потребовал изменить разбивку плит с тем условием, чтобы вертикальные стыки броневых плит (кроме тех, что приходятся на переборки) опирались непременно на три шпангоута. 6 октября о неудовлетворительности чертежа конструктивного мидель-шпангоута броненосца напоминал С.К. Ратник. Чтобы при вводе в Александровский док корабль своими боковыми килями не уперся в боковые закругления ворот дока, предполагалось эти кили отнести ближе к борту и уменьшить их высоту.
Выполняя работу за МТК, С.К. Ратник добился окончательного решения о фиксировании величины явно увеличивающего водоизмещения, что требовалось для определения положения машин и других составляющих нагрузки. Для этого требовалось поднять грузовую ватерлинию, или нижний броневой шельф, на 152 мм (как это следовало из разрешения генерал-адмирала об увеличении осадки) и непременно предусмотреть весомый запас водоизмещения, необходимость которого С.К. Ратник обосновывал в письме от 8 июля 1903 г. Эти и другие неопределенности и неувязки проекта, вызывавшиеся поверхностно-академическим отношением МТК к решению возникших вопросов и касавшиеся, понятно, обоих кораблей, заставляли заводы, добиваясь полной определенности в деталях, воздерживаться от начала сборочных работ на стапеле. Этого требовал опыт огромной перегрузки броненосцев типа "Бородино".
Работы на "Андрее Первозванном" начались только 2 марта 1904 г., а на "Императоре Павле I" и того позже — 14 октября. Порочная, ни в чем не изменившаяся практика разработки рабочих чертежей параллельно с процессом постройки и в дальнейшем продолжала вносить сбои в работу. Трудности возникли и с изготовлением форштевня. Его сложную отливку с приливом для носового аппарата Путиловский завод выполнил в неразъемном виде и поэтому МТК, в нарушение обычаев, согласился не испытывать ее традиционным способом сбрасывания на землю с высоты. Строителем "Андрея Первозванного" стал младший судостроитель (по табели о рангах это соответствовало чину подполковника) В.Я. Афонасьев. Участник постройки многих кораблей в качестве помощника строителя, он с января 1903 г. был строителем заградителя "Волга". В марте 1904 г. стал одновременно и. д. старшего судостроителя Санкт-Петербургского порта.
Сталь для корпуса поставлял Путиловский завод. Все броневые плиты и палубную броню изготовлял Ижорский завод. Оказалось, однако, необходимым, несмотря на огромный опыт бронирования броненосцев изменить конструкцию узла крепления борта (по отсеку бортового коридора) между батарейной и нижней палубами. Бимсы (расстояние между ними 1,22 м) были усилены.