После победы «оранжевой революции» и смены власти Леонид Черновецкий, вопреки ожиданиям многих, никаких новых назначений не получил. Новый глава государства Виктор Ющенко назначил его одним из своих советников. Но это чисто декоративная должность, не дававшая практически ничего тому, кто ее занимает. Как депутат и лидер ХЛПУ Черновецкий создал в парламенте Блок Леонида Черновецкого. Как советник главы государства и народный депутат он потребовал от Минюста провести публичную инвентаризацию засекреченных нормативных актов силовых ведомств. «Я считал, что новую украинскую власть ждет еще много „сюрпризов“ в виде засекреченных незаконных нормативных актов силовых ведомств. И ответственность за это лежала на Министерстве юстиции Украины, регистрировавшем эти документы и скрывающем их от общественности», – говорил Леонид Михайлович. Он не один раз пытался получить у Минюста документы, изданные, в частности, ГНАУ, но просьбы остались без ответа. Чтобы прекратить такую практику и обнародовать все незаконно зарегистрированные постановления, Министерству юстиции необходима была немедленная инвентаризация всех нормативных актов, утверждал Черновецкий. Особенно налоговых, которые были засекречены. А результаты инвентаризации он требовал довести до сведения общественности. Именно в это время Черновецкий снова направляет свои критические стрелы именно в сторону действующей киевской власти. По его словам, власть надо менять не только в стране, но и в ее столице – Киеве.
Леонид Черновецкий дает указание отслеживать наиболее вопиющие факты беззакония, которые остаются без должного внимания и наказания. Так, например, он обращает внимание президента: в средствах массовой информации разных стран появились многочисленные публикации под такими приблизительно названиями: «Украинских детей режут на части и делают из них молодильные инъекции». «Я ознакомился с восемью такими публикациями на эту жуткую тему в Интернете, посмотрел передачу „Спецкор“ на канале „Интер“ и убедился: картина ужасная, – говорит Леонид Михайлович. – Если недавно Украина занимала одно из первых мест в мире по коррупции, то в 2005 году, в новом веке, мы являемся позорным лидером по снабжению других стран клетками эмбрионов украинских детей». Черновецкий тут же вносит в Верховную Раду законопроект о борьбе с торговлей в Украине так называемыми фетальными тканями – клетками неродившихся детей, которые предназначены для продажи и лечения болезней миллионеров во всем мире. Этот бизнес Черновецкий сравнивает с каннибализмом.