Начальник ГРУ генерал-лейтенант И.И. Ильичев и начальник отдела кадров ГРУ полковник С. Егоров не приняли всерьез опасений Мильштейна, но тем не менее в сентябре 1944 года в Оттаву ушла телеграмма об отзыве Гузенко в Москву. Однако резидент Заботин сумел настоять на отмене этого решения, и лишь в августе 1945 года новый начальник ГРУ генерал-лейтенант Ф.Ф. Кузнецов подписал телеграмму с категорическим указанием Заботину немедленно отправить Гузенко и его семью в Советский Союз.
Узнав об этом, Гузенко принимает решение не возвращаться на родину. Вечером 5 сентября 1945 года он обратился в редакцию, газеты «Оттава джорнел», с заявлением о том, что он располагает документами, свидетельствующими о советском шпионаже против Канады. В редакции ему не поверили, тогда он обратился в министерство юстиции с просьбой предоставить ему политическое убежище. В министерстве юстиции к его словам тоже отнеслись недоверчиво и предложили прийти на следующий день. Недоумение по поводу заявления Гузенко было столь велико, что там всерьез обсуждался вопрос о передаче его советским представителям в Оттаве, дабы избежать политических осложнений. Всю ночь Гузенко с семьей скрывались у соседей, и на следующий день он вновь обратился к канадским властям. Только факт взлома дверей квартиры Гузенко сотрудниками безопасности советского посольства и настойчивое вмешательство Уильяма Стефенсона, занимавшего пост главы британской миссии по вопросам координации обеспечения безопасности, спасли жизнь Гузенко. Стефенсон убедил руководство Королевской канадской конной полиции (КККП), занимающейся вопросами разведки и контрразведки, укрыть Гузенко на территории специальной военной школы на северном берегу озера Онтарио.
Советское посольство в Канаде сделало все возможное, чтобы вынудить канадские власти передать Гузенко СССР. Восьмого сентября посол отправил в департамент иностранных дел Канады ноту следующего содержания:
«…сотрудник советского посольства Игорь Сергеевич Гузенко, проживающий по улице Соммерсет Стрит, 511, не явился в установленное время к месту службы.
В связи с этим консул Павлов и два других сотрудника посольства посетили квартиру Гузенко, но дверь им никто не открыл. После этого были использованы дубликаты ключей…
Позднее было установлено, что И. Гузенко похитил из посольства деньги и документы…
Посольство СССР просит департамент иностранных дел принять срочные меры по розыску, аресту и передаче Гузенко для депортации из страны как уголовного преступника, который выкрал деньги, принадлежащие посольству».