Через неделю в департамент иностранных дел Канады была отправлена вторая нота:
Подтверждая наше заявление в ноте № 35 от 8.09.1945 о том, что Гузенко похитил денежные фонды посольства, вторично просим о задержании Гузен-ко и его жены без организации суда над ними и о передаче их советскому посольству для последующей депортации в Советский Союз».
В ответ канадское правительство направило запрос в советское посольство о похищенных суммах и некоторых связанных с этим обстоятельствах, но ответа посольства на этот запрос не последовало.
В Москве бегство Гузенко вызвало переполох. По личному приказу Сталина была создана комиссия по ликвидации последствий предательства Гузенко. В ее состав входили Г. Маленков (председатель), Л. Берия, В. Абакумов, Ф. Кузнецов, В. Меркулов, Мамулов (секретарь). Предложение ликвидировать Гузенко силами специальной секции «X» ГРУ, занимавшейся актами возмездия, было отклонено Сталиным, который сослался при ном на возможный ущерб престижу СССР. Впрочем, до самой смерти Гузенко значился в так называемой розыскной книге, куда заносились все осужденные и объявленные в розыск перебежчики. Вот что говорилось о нем в розыскном деле:
«Гузенко Игорь Сергеевич, 1919 года рождения, урож. дер. Рогачево Дмитровского р-на Московской обл., русский, образование незаконченное высшее, бывш. лейтенант Советской Армии. Среднего роста, шатен, волосы редкие с глубокими залысинами, лицо овальное, на подбородке ямочка, походка резкая, при разговоре сдвигает в сторону нижнюю челюсть, увлекается рисованием. Сестра Сокольникова (Гузенко) Ирина Сергеевна — в г. Златоусте Челябинской обл.; брат Гузенко Всеволод Сергеевич — в г. Златоусте Челябинской обл.; отец Гузенко Сергей Давыдович до войны проживал в г. Киеве.
С августа 1943 г. вместе с женой (Гузенко С.Б.) находился в служебной командировке по линии Министерства Обороны СССР в Канаде. 6 сентября 1945 г. по сговору с женой отказался от возвращения в СССР. Из аппарата военного атташе СССР в Канаде похитил и передал канадским властям ряд совершенно секретных документов. Военной коллегией Верховного суда СССР 2 марта 1956 г. заочно осужден к ВМН. По имеющимся данным проживает в Канаде. Имеется фотокарточка 1940–1945 гг. и образец почерка».
В результате пострадали лишь Заботин и его семья. Он, его жена и сын были арестованы и осуждены. Заботин находился в заключении до смерти Сталина. Выйдя на свободу, он развелся с женой, женился вторично на простой деревенской женщине, уехал из Москвы в провинцию, где вскоре умер.
Что касается Гузенко, то его скрупулезно допрашивали сотрудники КККП, офицер СИС Петер Двайер и даже сэр Роджер Холлис, начальник отдела английской контрразведки МИ-5, занимавшийся разработкой политических партий и, в частности, компартии Великобритании. Гузенко передал так много информации, что канадское правительство учредило специальную Королевскую комиссию по вопросам шпионажа. Согласно официальному заявлению, комиссия выявила имена четырнадцати агентов ГРУ, и указала псевдонимы еще пяти членов. Из этих девятнадцати девять человек были осуждены.