Не было особой идиллии в отношении вождя к Шапошникову и в дальнейшем. Выше уже не раз говорилось о том пагубном скептицизме, с которым в начале войны Сталин, ставший Верховным Главнокомандующим, относился к деятельности Генерального штаба. По его указанию в первый же день, 22 июня, из центрального аппарата в помощь командующим фронтами была направлена группа ответственных работников, включая начальника Генштаба генерала армии Жукова, его первого заместителя генерал-лейтенанта Ватутина, а также маршала Шапошникова. Генштаб был, по существу, оголен, и, как признавался A.M. Василевский, в тот момент заместитель начальника Оперативного управления, невольно создавалось впечатление, что «мозг армии» в самый ответственный момент оказался предоставленным самому себе. Все решения принимались наверху помимо Генштаба, и он был лишь передаточной инстанцией.
Это положение сохранялось довольно долго и после повторного назначения Шапошникова, датированного 30 июля 1941 г., начальником Генштаба. Как пишет генерал армии С.П. Иванов со слов A.M. Василевского, «в тот период Генеральный штаб не в состоянии был в достаточной мере влиять на выработку крупных решений. Б.М. Шапошников, по его словам, был жестоко травмирован репрессиями, которым подверглись все его соратники… Само отношение Сталина к Генштабу было скептическим, он называл его канцелярией»>{82}.
Лишь постепенно и далеко не сразу этот важнейший орган управления обрел присущую ему роль, став рабочим (а по сути — интеллектуальным) органом Ставки. Оперативно-стратегическая подготовка Бориса Михайловича была в тот период более совершенной, чем у Георгия Константиновича Жукова, которого он сменил в должности. Но нельзя отрицать, что характер у последнего был куда круче, и Шапошников, конечно, в большей степени устраивал Верховного, нежели неуступчивый Жуков.
Возвращение Шапошникова к руководству Генеральным штабом сам Жуков оценил кратко и исчерпывающе: «Зная дело Генштаба до тонкостей, он быстро провел ряд организационных мероприятий, способствовавших улучшению работы этого главного рабочего органа Ставки. Большое личное трудолюбие и умение Б.М. Шапошникова работать с людьми оказали заметное влияние на рост общего искусства управления войсками в действующей армии и особенно со стороны Генштаба»>{83}.
Хорошо знавший Шапошникова и считавший себя его учеником Маршал Советского Союза И.Х. Баграмян составил «самый лаконичный перечень» того, что было сделано Борисом Михайловичем в первые же дни его пребывания на посту начальника Генштаба: восстановление бесперебойной связи с войсками, упорядочение системы управления действиями фронтов и армий с целью придания им целеустремленности и исключения их разрозненности, скорейшее подтягивание резервов из глубины страны, уточнение боевого состава войск действующей армии после жестоких ударов врага и многое другое