.
Характеризуя работу Бориса Михайловича в этот период, можно выделить несколько ее важнейших результатов. При его прямом участии разрабатывались операции большого масштаба, назовем главную из них — Московскую наступательную операцию, и в это дело маршал вкладывал весь свой полководческий талант и выдающиеся организаторские способности. Далее — он возглавил очень сложный процесс улучшения стратегического руководства войсками. Было срочно разработано и введено в действие положение, которое регламентировало работу фронтовых управлений и управлений Генерального штаба. В штабную службу были внесены планомерность и четкий порядок, что было особенно важно в противоречивой обстановке первых месяцев войны. Боевые донесения и оперативные сводки штабы фронтов теперь передавали в Генштаб не позднее 2 часов ночи ежесуточно, а спешные, особо важные — лично дежурному заместителю начальника Генштаба. Таким образом, удалось обеспечить поток систематической и оперативной информации о положении на фронтах, что было крайне важно для планирования и организации боевых действий в Ставке ВГК и Генеральном штабе.
И наконец, Борис Михайлович много сделал для того, чтобы мало-помалу преодолеть недоверие Сталина к высшим штабам. Будь на месте Шапошникова кто-то другой, менее мудрый и уравновешенный, менее знающий и не столь глубоко мыслящий, переломить ложное мнение Верховного о Генштабе как о «канцелярии», было бы значительно труднее, а может, и вовсе бесперспективно. Начальник Генштаба ежедневно, а иногда и по нескольку раз в сутки бывал у Верховного Главнокомандующего с докладами. Проходили они тяжело. Раздраженный обстановкой на фронтах, постоянным отступлением войск Красной Армии Сталин высказывал резкое недовольство деятельностью Генштаба, часто не желал считаться с объективным характером трудностей, с которыми сталкивались генштабисты. Главным рычагом, необходимым для улучшения дела, он считал замену руководителей, но такое отношение к кадрам в первые месяцы войны редко давало положительные результаты. В таких условиях Генштаб не мог заработать в полную меру сил, да и сама система обслуживания им Ставки еще только вырабатывалась.
Всем стилем своей деятельности Шапошников преодолевал сталинские предубеждения. Докладывая подготовленную подчиненными и тщательно продуманную им самим информацию, он высказывал аргументированные предложения, на основе которых Ставка затем отдавала директивы. Сталин стал с большим вниманием прислушивался к рекомендациям и мнению Бориса Михайловича. Постепенно Верховный все больше стал придерживаться правила — принимать всякое ответственное решение лишь после предварительного доклада начальника Генштаба.