У японцев были свои проблемы. Поскольку Мидуэй уже находился под контролем, надобность в скорейшем сосредоточении ударных авианосцев Нагумо в метрополии отпала, и Ямамото сделал уступку Морскому Генеральному штабу, отправив для прикрытия десантной операции в Порт-Морсби все соединение, вернувшееся из цейлонского рейда, – 5 больших авианосцев 1-й, 2-й и 5-й дивизий.
Американская служба радиоперехвата не дремала и смогла вовремя предупредить командовавшего Тихоокеанским флотом адмирала Нимица о надвигающихся крупных неприятностях. В результате Нимиц отозвал 16-е и 17-е оперативные соединения, построенные вокруг авианосцев «Йорктаун» и «Лексингтон». Американцы отказались от попытки воспрепятствовать японскому десанту ввиду подавляющего превосходства противника – бой в Коралловом море не состоялся. Японцы без сопротивления высадились на южном побережье Новой Гвинеи и захватили стратегически важный для последующих действий в данном регионе Порт-Морсби. Соединение Нагумо, продолжая сложившуюся практику по изоляции района боевых действий путем разрушения баз снабжения, нанесло авиаудар по Таунсвиллу, превратив его в груду развалин. После этого авианосное соединение вернулось в Японию, где в его состав вновь вошел после ремонта авианосец «Кага», а корабли, вернувшиеся из индийского похода, получили долгожданный отдых и ремонт. Авиагруппы были пополнены новыми летчиками и самолетами (впервые с начала войны).
В июне, таким образом, наступила оперативная пауза. К июлю у японцев в строю было 6 ударных авианосцев, а у американцев 5 (поврежденный подводной лодкой «Саратога» вернулся из ремонта). Американский Тихоокеанский флот также был усилен новыми линкорами «Норт Каролина» и «Вашингтон», переведенными из Атлантики, где они недолгое время взаимодействовали с Королевским флотом.
В этой ситуации японское командование оказалось на распутье. Цели, поставленные перед войной, достигнуты, добровольно уступать инициативу и переходить к обороне – не хочется. Японский Морской Генеральный штаб предлагал развернуть полномасштабное наступление на Австралию, но это требовало огромного количества торгового тоннажа, а его и так катастрофически не хватало. Армия предпочитала действия на континенте – против Индии и Китая и требовала, чтобы флот оказал необходимую поддержку. Командующий японским флотом имел свои собственные соображения. Ямамото подготовил операцию, имеющую целью навязать Тихоокеанскому флоту США генеральное сражение. Целью были выбраны Алеуты. Лучший флотоводец Японии рассуждал довольно просто: объектом нападения должна быть территория США, за которую будут драться из соображений престижа. Алеуты же слабо связаны с метрополией, что осложнит противнику развертывание сил. В то же время они находятся недалеко от Японии, что, в свою очередь, облегчает развертывание сил вторжения. Сложные погодные условия в регионе должны дать дополнительные преимущества более опытным японским летчикам.