Еще большее значение имели преобразования органов центрального управления. Все важные законы 1802 — 1812 гг. (а позже при Николае I) составлялись или редактировались Сперанским, то была вершина его карьеры: он занимал посты товарища (заместителя) министра юстиции, государственного секретаря, директора Комиссии составления законов и Комиссии финляндских дел, ведал подготовкой финансовых реформ. В конце 1808 г. Александр I поручил Сперанскому разработку плана государственного преобразования России и к октябрю 1809 г. проект под названием „Введение к уложению государственных законов“ был им представлен царю. Реформы должны были проводиться сверху, в интересах укрепления самодержавия, придавая ему „законную форму“.
В своем проекте Сперанский теоретически оправдывает и закрепляет неравенство сословий, привилегии дворянства и отсутствие политических и гражданских прав у „народа рабочего“, куда зачислялись помещичьи крестьяне, рабочие по найму и домашние слуги. Вводимому „среднему состоянию“ (купцы, мещане, государственные крестьяне) предоставлялись „гражданские“, но не политические права. Проект проводил принцип „разделения властей“ — законодательной, исполнительной и судебной, при независимости судебной власти и ответственности исполнительной перед законодательной. Эта система давала доступ к управлению страной лишь помещикам и верхам нарождавшейся буржуазии, нисколько не нарушая абсолютной власти царя.
Александр I признал проект „удовлетворительным и полезным“, однако проведение его в жизнь встретило сильное противодействие со стороны высших сановников, считавших его слишком радикальным и „опасным“, и дело свелось к учреждению в 1810 г. Государственного совета — законосовещательного органа при императоре. Новый орган, централизуя законодательное дело, обеспечивал единообразие юридических норм» предотвращая появление противоречий в законодательных актах, но сама законодательная инициатива и окончательное утверждение законов оставались всецело прерогативой царя. Члены Государственного совета не избирались, а назначались императором.
В 1811 г. было обнародовано подготовленное Сперанским «Общее учреждение министерств», которое увенчало реформу, начатую в 1802 г., когда старые петровские коллегии были заменены новой, европейской формой высшей исполнительной власти — министерствами. Теперь дела по каждому ведомству решались единолично министром, ответственным только перед императором. Если, однако, первоначально структура и функции министерств еще не были четко определены, то новый закон строго разграничивал компетенцию министерств, устанавливал принцип единоначалия и регламентировал взаимоотношения министерств с другими органами высшего государственного управления — Сенатом, Комитетом министров и Государственным советом. Реорганизованное таким образом центральное управление просуществовало, с небольшими изменениями, вплоть до 1917 года.