Изменения во внешней обрядности были только частью реформы. Другую значительную ее часть составляло «исправление» русских богослужебных книг. Задача состояла в редактировании их содержания для того, чтобы исключить все отличия от канонических текстов. Эта работа началась задолго до Никона и, пожалуй, не прекращалась никогда. Справщики книг при московских патриархах, и еще раньше — при митрополитах, внимательно следили за содержанием служебников, старались вовремя устранять из них вкравшиеся ошибки. Но, конечно, ограниченные технические возможности справщиков, распространенность рукописных книг, переписывавшихся по многочисленным монастырям, не позволяли осуществлять полный контроль и открывали путь для появления некоторых неточностей, хотя по большей части и незначительных.
Тем не менее необходимость редакции богослужебных текстов, создание единого исправленного образца для дальнейшей печати в московской типографии не вызывали споров и сомнений. Вопрос состоял только в том — с чем, с каким источником сверять исправляемые тексты?
Было решено взять за основание древние греческие и древние русские книги. За ними отправились из Москвы в библиотеки ближних и дальних монастырей. Была снаряжена экспедиция заграницу — монах Арсений Суханов объехал значительную часть православного Востока — от Египта до Константинополя, собрав много старинных книг. Всего в хранилище Печатного двора было свезено более двух с половиной тысяч изданий, относящихся к разному времени.
Вступление Никона на патриарший престол летом 1652 года сопровождалось торжественной и необычной клятвой, принесенной ему собором и царем. После своего соборного избрания Никон долго отказывался от предложенной ему высокой чести, несмотря на то что сам царь с боярами, стоя на коленях в Успенском соборе, умоляли его принять управление вдовствующей Церковью.
В поведении нового патриарха можно заметить следы давней традиции, когда такой отказ считался формальным проявлением пристойной скромности, но было в нем и еще кое-что, очень важное. Никон ощущал себя призванным осуществить дело возрождения и объединения православия, готовил для этого серьезные перемены в сложившейся церковной практике, а потому хотел исключительных полномочий.
«Если обещаетесь слушать меня, как вашего главного архипастыря и отца во всем, что буду возвещать вам о догматах Божиих и о правилах, если дадите мне устроить церковь, то я но вашему желанию и прошению не стану более отрекаться от великого архиерейства» — так сказал Никон, обращаясь к царю и собору. И в ответ получил требуемое единогласное и смиренное обещание.