Более сложная схема передачи сигналов и регуляции экспрессии генов, которая процессирует сигналы, приходящие из окружающей среды, основана на так называемых двухкомпонентных системах (Casino et al., 2010). Двухкомпонентные системы состоят из мембранных гистидин-киназ и растворимых регуляторов ответа, между которыми сигнал передается путем переноса фосфата. Примечательно, что классические регуляторы транскрипции и гистидин-киназы содержат много общих сенсорных доменов. Это родство указывает на то, что регуляторы транскрипции (однокомпонентные системы) и двухкомпонентные системы образуют единую, интегрированную структуру передачи сигналов и регуляции экспрессии. Однокомпонентные системы, которые распространены практически повсеместно и, как правило, численно доминируют у бактерий и архей, предположительно являются наиболее древними устройствами передачи сигналов, в то время как двухкомпонентные системы, вероятно, являются произошедшей от них более сложной формой передачи сигнала, которая эволюционировала как механизм реагирования на стимулы, приходящие из окружающей среды (Ulrich et al., 2005).
Сравнительная геномика бактерий и архей внесла решающий вклад в открытие новых, до того неизвестных, но в действительности весьма распространенных систем передачи сигналов. В течение многих лет было известно, что широко распространенная форма глобальной регуляции у бактерий использует в качестве посредника цАМФ (циклический АМФ), при участии различных аденилатциклаз (яркий пример неортологичной замены генов), многочисленных белков, содержащих сенсоры цАМФ, такие как GAF-домен, a также белки катаболитной репрессии (CRP и FNR) и другие регуляторы транскрипции, которые тоже содержат цАМФ-связывающие домены. Сравнительный анализ выявил многочисленные неклассифицированные белки, содержащие гомологичные сенсорные домены, которые типичны для цАМФ-зависимых регуляторов и двухкомпонентных систем, объединенные с одним или двумя новыми доменами, GGDEF и EAL (обозначенными так по соответствующим мотивам консервативных последовательностей аминокислот). Геномный контекст этих доменов и наблюдение, что домен GGDEF является отдаленным гомологом одного из семейств аденилатциклаз, привели к гипотезе, что эти белки являются компонентами новой системы (или систем) передачи сигналов. Впоследствии эти предсказанные системы были открыты после того, как было показано, что домен GGDEF обладает активностью ди-ГМФ-циклазы, в то время как EAL является ди-ГМФ-фосфодиэстеразой. Зависимая от ц-ди-ГМФ передача сигнала, существование которой даже не предполагалось в догеномную эру, начинает рассматриваться как главная регуляторная система бактерий и архей (Seshasayee et al., 2010).