Третьей выставке – Антропологической – финансово не повезло. Предварительно от купцов Ф.А. Терещенко и Л.С. Полякова было получено 60 000 рублей. Эти деньги тут же истратили на поездки для сбора экспонатов, приобретение их и прочие накладные расходы. Несмотря на успех у публики, плата за входные билеты не покрыла расходы. Остались изрядные долги, и Богданов до самой смерти возмещал их из своего кармана.
Но к финансовым заботам трудности не сводились. Выставки вызывали подозрение и глухое сопротивление со стороны реакционеров. Так, когда Антропологическая выставка была в основном готова, в Петербург пришёл донос о предосудительных замыслах, воплощенных в открываемой экспозиции. Министр просвещения Д.А. Толстой потребовал убрать ряд экспонатов. Богданов обратился тогда к митрополиту Московскому Макарию. Тот побывал в Манеже и сообщил в столицу, что ничего вредного не увидел. Открытие сопровождалось молебном, после чего епископ Ростовский Амвросий благословил «труды русских ученых, веру оправдывающие и веру утверждающие», т. е. только те, что не входят в противоречие с Библией. Иностранные гости вместе с устроителями выставки ездили на приём в Троице-Сергиеву лавру, и у французских антропологов сложилось даже впечатление, что православное духовенство терпимее к науке, чем католическое[60].
Без уступок, лжи, компромиссов, лести, рекламы выставки вряд ли состоялись бы вообще. Это не все одобряли. Передовые учёные осуждали и другое: Богданов прекрасно понимал значение идей Дарвина, но в своих лекциях и статьях никогда не называл его имени, чтобы не раздражать властей предержащих. Подобное лавирование, умение столковаться и с купцами, и с попами, и с чиновниками (порою профессор находил поддержку и у генерал-губернатора Москвы великого князя Сергея Александровича, и у министров-ретроградов Д.А. Толстого и И.И. Делянова) отталкивало от Богданова представителей передовых кругов общества.
После Антропологической выставки Богданов уже не брался за предприятия такого рода. Может быть, он опасался нового финансового провала, но, скорее всего, дело заключалось в изменении общей ситуации в стране. Реакционные тенденции восторжествовали. Выставки, предназначенные для широкой публики, в верхах тогда уже считались нежелательными. Свой организаторский талант Богданов проявлял отныне в Московском Зоологическом саду, к руководству которым вернулся в 1880-х годах.
И этот этап его деятельности не всегда встречал одобрение у окружающих. Известны брошюра К.А. Тимирязева «Пародия науки» о ботанической лаборатории, открытой при Зоосаде