В Манеже демонстрировались сотни археологических находок, в частности из курганов в окрестностях Москвы. Изучению черепов из этих захоронений посвящены две работы Богданова – предварительное сообщение «Курганное племя Московской губернии»[58] и монография «Материалы для антропологии курганного периода в Московской губернии»[59]. За эту книгу ему без защиты диссертации в 1867 году присудили докторскую степень.
В 1876 году в Московском университете по предложению Богданова выделили кафедру антропологии. Предназначалась она для его ученика Дмитрия Николаевича Анучина, по завершению университетского курса посланного в зарубежную командировку. Но в условиях политической реакции, начавшейся после убийства Александра II народовольцами, в 1884 году кафедру закрыли. Анучину пришлось перейти на кафедру физической географии, хотя параллельно и очень плодотворно он занимался и антропологией.
В 1872 году состоялась следующая выставка – Политехническая, приуроченная к двухсотлетию со дня рождения Петра I. Размах её был особенно велик. В Манеже она не вместилась, а раскинулась в шестидесяти двух павильонах, построенных в Александровском саду и вдоль кремлёвской стены по берегу Москвы-реки. После закрытия выставки решено было создать Политехнический музей, куда и передали большую часть экспонатов.
В известной степени и Российский Исторический музей обязан своим происхождением Политехнической выставке. В ее составе находился севастопольский отдел, отражавший героизм русской армии и флота в Крымской войне. Организаторы отдела обратились к императору с ходатайством об открытии в Москве исторического музея и передаче туда собранных материалов. Разрешение на это состоялось, выделена и правительственная субсидия. Начались строительство здания на Красной площади и сбор коллекций.
Давно задуманная Антропологическая выставка 1879 года вышла более камерной, чем предшествующая. Она ограничивалась Манежем, но потребовала огромной подготовительной работы. Богданов, его сотрудники и добровольные помощники немало поездили по России в поисках разнообразных экспонатов. В ряде мест провели раскопки. На выставку пригласили ведущих иностранных ученых. Они, как и русские исследователи, выступали здесь с докладами, так что по сути дела получился международный антропологический конгресс. Он свидетельствовал о быстром развитии русской науки.
Из этой выставки родился еще один московский музей – Антропологический. Он работает и сейчас в старом здании университета на Моховой улице.
При организации всех трёх выставок в полной мере проявились как положительные, так и отрицательные черты Богданова. Каждый шаг давался нелегко. Казенных субсидий на эти всероссийские мероприятия профессор или не имел вовсе, или они сводились к жалким подачкам. Нужно было найти меценатов и использовать их капиталы в своих целях. Богданов умел с ними разговаривать, а правительство по его просьбам награждало наиболее щедрых жертвователей своими орденами (дававшими тогда не только почёт, но и сословные привилегии вроде личного и потомственного дворянства вместе с самыми высокими знаками отличий, приблизиться к которым можно было, только получив нижестоящие). На Этнографическую выставку 10 000 рублей пожертвовал помощник попечителя Московского учебного округа В.А. Дашков; на Политехническую особенно охотно раскошелились московские купцы-толстосумы. Железнодорожный магнат П.И. Губонин дал 20 000 рублей. Фабрикант и владелец железных дорог К.Ф. фон Мекк подарил университету 25 000 рублей на организацию кафедры антропологии.