В 1561 г. датский король Фредерик II прислал на остров Эзель своего наместника, дав понять всем заинтересованным сторонам, что Дания эту территорию будет отстаивать решительно вплоть до военных действий. Магистр Готард Кеттлер, понимая, насколько проблематично защитить от России Ревель (совр. Таллин), находящийся в ту пору вдали литовских войск, в очередной раз обратился к шведскому королю с просьбой о приеме под его защиту северозападных территорий Ливонии. Если ранее более осмотрительный шведский король Густав Ваза отказывал в этом ливонскому магистру, понимая, что ему придется вступить в войну с Россией, то его сын Эрик XIV, занявший шведский престол в 1560 г., согласился и весной 1561 г. занял не только Ревель, но и Хариенские, Вирландские, Гервенские земли. Более того, шведский король вел переговоры с Ригой о принятии под свою опеку этого города, а в 1562 г. шведские войска заняли Пернау (совр. Пярну).
Понимая, что шведское засилье в Ливонии тоже представляет опасность для Литвы, еще в августе 1561 г. в Ригу вступил с трехтысячным войском Николай Радзивилл Черный, а в ноябре в Вильнюсе был заключен договор о присоединении Ливонии к Великому княжеству литовскому, кроме Риги, оставшейся свободным городом. Ливонский орден прекратил свое существование, а его последний великий магистр Готард Кеттлер стал герцогом Курляндии и Семигалии с обязательством подчинения великому князю литовскому. Столицей этого герцогства стала Митава (совр. Елгава). Многовековое стремление литовских князей присоединить ливонские земли осуществилось. Правда, ненадолго. При этом коренное население Ливонии латы, курши, ливы и эсты как были под гнетом немецких землевладельцев, так и остались, разве что еще и литовские угнетатели прибавились.
Надо отметить, что в 1561 г. патриарх Иосаф, понимая какой ему финансовый убыток может принести установление протестантской веры на территориях Польши и Литвы, чья православная церковь подчинялась константинопольскому патриархату, направил послание московскому митрополиту с разъяснениями и обвинениями учения Мартина Лютера, обращаясь к Макарию как к митрополиту киевскому и владыке всей России. Именно в этом послании патриарх называет часть территории Польши и Литвы с русинским населением Малой Россией, давая понять, что Московское государство является Великой Россией. Такое разделение территории давно уже не существующей Киевской Руси пришлось по нраву московской власти и в дальнейшем стало использоваться в России.
Ливонскую войну историки обычно подразделяют на четыре этапа. Если на первом этапе армия царя воевала против населения ливонских городов и немецких рыцарей ливонского ордена, то с окончанием срока перемирия в 1562 г. между Российским и Польско-Литовским государствами война в основном сместилась на территорию Литвы. Так, князь Андрей Курбский со своим войском сжег предместья Витебска, но попытка сделать то же самое у Невеля и Опочки окончилась неудачей. Попав в опалу, князь недосчитался части своих владений, отобранных царем. Видимо, нанесенная обида и репрессии царя по отношению ко многим своим близким людям послужили через год причиной бегства Курбского в Литву. Зато князь Петр Серебряный, победив литовцев подле Мстиславля, разорил затем окрестности Витебска, Дубровно, Орши, Копыси и Шклова.