В оперативном подчинении командования ОДВА находились три погранотряда и Дальневосточная речная военная флотилия. В последнюю входили дивизионы: мониторов, состоящий из 4-х судов, канонерских лодок (4), бронекатеров (3), а также минный заградитель «Сильный». Имелась группа тральщиков. Флотилия располагала четырьмя 150-мм, двадцатью четырьмя 120-мм, десятью 75-мм, десятью 40-мм, одной 37-мм пушками и 48 пулеметами. В распоряжении военных речников находился 68-й отдельный авиационный речной отряд во главе с известным полярным летчиком Э.М. Лухтом. Отряд состоял из 14 поплавковых гидросамолетов МР-1, речной авиаматкой «Амур».
Флотилия насчитывала 130 человек командного и начальствующего состава и 800 младших командиров и краснофлотцев.
Были сформированы специальные и технические войска ОДВА. Они включали четыре бронепоезда, дивизион береговой артиллерии, отдельный радиобатальон, железнодорожный полк, отдельный Дальневосточный батальон связи, два отдельных саперных батальона, три отдельных артиллерийских дивизиона и военно-воздушные силы. В ВВС армии входили, в частности, 5-я истребительная, 26-я и 40-я им. В.И. Ленина бомбардировочные эскадрильи, 6-й, 19-й и 25-й авиационные отряды. Всего 69 самолетов, главным образом разведчики и легкие бомбардировщики Р-1 советского производства.
На вооружение сухопутных частей находились преимущественно винтовки-трехлинейки и карабины, ручные пулеметы Льюиса (английские) и Шоша (французские). Станковый пулемет «максим», 76,2-мм горная пушка, 76,2-мм пушка, 107-мм пушка, 122-мм гаубица. Все они были конструкции дореволюционных лет. Однако вскоре в ОДВА стало поступать вооружение советского образца: ручные пулеметы Токарева, а также пулемет ДП, созданный А.В. Дегтяревым. В Забайкалье прибыло 10 танков МС-1, изготовленных в СССР.
В октябре 1929 г. в ответ на новые вооруженные провокации мукденских войск РВС СССР принял решение нанести по противнику ряд упреждающих ударов, чтобы спять прямую угрозу нападения на Хабаровск, Приамурье и Приморье.
Участник событий, впоследствии Маршал Советского Союза, В.И. Чуйков так описывает причины конфликта 1929 г.: «Военное выступление Чан Кайши осуществлялось под нажимом империалистических держав, которые были заинтересованы прощупать мощь Красной армии штыками китайцев. Нельзя было исключить и попытку самого Чан Кайши испытать наши силы на Дальнем Востоке. Способна ли наша Дальневосточная армия отразить вторжение, или мы пойдем немедленно на крупные уступки? Не расчистит ли эта “разведка боем” дорогу для более серьезного вторжения, не двинет ли в случае удачи китайских войск свои силы и Япония? Это очень устроило бы Чан Кайши: втянуть Японию в длительную войну на советском Дальнем Востоке и, опираясь на ее поддержку, решить внутренние проблемы борьбы с КПК. Думается, немалую роль в решимости Чан Кайши пойти на вооруженный конфликт с Советской Россией сыграли русские белоэмигранты, которые убеждали Чана в слабости Советов и ее Красной армии»