5 мая 1821 года, шесть лет спустя после прибытия на Святую Елену, бывший император Франции и самопровозглашенный потомок Александра Македонского скончался в возрасте пятидесяти одного года. Сообщали, что среди его последних слов перед смертью было «Жозефина» — точно так же, как Жозефина, умирая, выдохнула: «Бонапарт… Эльба… Римский король». Вскрытие, произведенное британскими докторами, показало, что смерть произошла по причине рака желудка. Сразу после его смерти некоторые историки выдвигали гипотезу, что Бонапарт был отравлен, мотивируя высоким содержанием мышьяка в его волосах и наличием многочисленных врагов, как на острове, так и за его пределами (в частности, назывался месье Монтолон). Другие возражали, что мышьяк не был результатом отравления, а просто содержался в красителе, который был известен под названием Schalers green и имел в своем составе арсенит меди. Эта краска присутствовала в рисунке обоев дома, где жил Наполеон. В 2011 году доктор Алессандро Лульи с группой соавторов выпустил статью «Врачебная тайна Наполеона Бонапарта: междисциплинарное исследование», в основу которой лег всесторонний анализ обстоятельств смерти Наполеона. В этой статье авторы представили убедительные доказательства того, что за последние шесть месяцев жизни резкого роста содержания мышьяка в организме Наполеона отмечено не было, что неизбежно имело бы место в случае отравления.
Какова бы ни была причина его смерти, но похоронен Наполеон был на острове, вдали от империи, которой правил, и родных, все еще вынашивавших планы его возвращения домой. В 1840 году французский король Луи-Филипп отправил своего сына, принца Франсуа, за телом бывшего императора, с тем чтобы захоронить его в парижском Доме Инвалидов. Гробница его находится там и по сию пору.
Как только стало ясно, что Наполеон сослан на Святую Елену бессрочно, Мария-Луиза поселилась в Парме со своим возлюбленным, Адамом Нейппергом, и их первым ребенком, рожденным в 1817 году. И хотя на этот союз большая часть Европы смотрела косо, в 1819 году у них родился второй ребенок, а спустя два года, когда Наполеона не стало, Мария-Луиза и Адам Нейпперг официально заключили брак. После этого у них родился еще один ребенок, и этот период в жизни Марии-Луизы определенно был для нее самым счастливым. «Если бы я не боялась впасть в грех гордыни, — говорила герцогиня Пармская, — я бы могла сказать, что заслужила это, ибо одному Богу известно, сколько мне пришлось пережить». Мария-Луиза умерла в возрасте пятидесяти шести лет и захоронена в императорской крипте, рядом с отцом и старшим сыном, Наполеоном Вторым, скончавшимся от туберкулеза в возрасте двадцати одного года.