Сильвестр старался убедить царя в том, что ему нужно новое, благонравное и беспорочное окружение, достойное великих деяний. И пожар, и междоусобица, и заблуждения людские – все это ниспослано Богом в наказание за грехи. «И тебе, великому государю, – увещевал пастырь, – которая похвала в твоей великой области множество Божиих людей заблудша? И на ком то вся взыщет?»
Государю пора осознать свою ответственность за все непотребства, происходящие в царстве: «Вся сия законопреступления хощет Бог тобою исправити».
Мысль о божественном происхождении царской власти много значила для Ивана. Он никогда бы не простил советнику обличений, если бы не это обстоятельство. Церковь сыграла выдающуюся роль в обосновании политической теории самодержавия.
С1549 года вместе с Избранной радой, куда входили А. Ф. Адашев, митрополит Макарий, А. М. Курбский, протопоп Сильвестр, Иван IV осуществил ряд реформ, направленных на централизацию государства: Земскую реформу, Губную реформу, провел преобразования в армии. В 1550 году был принят новый судебник, который ужесточил правила перехода крестьян – размер пожилого был увеличен. В 1549 году был созван первый Земский собор. В 1555–1556 годах Иван IV отменил кормления и принял Уложение о службе.
При Иване Грозном был запрещен въезд на территорию России еврейских купцов. Когда же в 1550 году польский король Сигизмунд-Август потребовал, чтоб им был дозволен свободный въезд в Россию, Иоанн отказал в таких словах: «в свои государства Жидом никак ездити не велети, занеже в своих государствах лиха никакого видети не хотим, а хотим того, чтобы Бог дал в моих государствах люди мои были в тишине безо всякого смущенья. И ты бы, брат наш, вперед о Жидех к нам не писал», поскольку они русских людей «от христианства отводили, и отравные зелья в наши земли привозили и пакости многие людям нашим делали».
С целью устроить типографию в Москве царь обратился к Кристиану II с просьбой выслать книгопечатников, и тот прислал в 1552 году в Москву через Ганса Миссингейма Библию в переводе Лютера и два лютеранских катехизиса, но по настоянию русских иерархов план короля по распространению переводов в нескольких тысячах экземпляров был отвергнут.
В начале 1560-х годов Иван Васильевич произвел знаковую реформу государственной сфрагистики. С этого момента в России появляется устойчивый тип государственной печати. Впервые на груди древнего двуглавого орла появляется всадник – герб князей Рюрикова дома, изображавшийся до того отдельно, и всегда с лицевой стороны государственной печати, в то время как изображение орла помещалось на оборотной. Новая печать скрепила договор с Датским королевством от 7 апреля 1562 года.