В Новгороде было казнено с применением различных пыток множество горожан, включая женщин и детей. Точный подсчет жертв велся лишь на первых порах, когда Иван Грозный целенаправленно уничтожал местную знать и приказных, устроив суд в «Рюриковом городище». Всего было убито 211 помещиков и 137 членов их семей, 45 дьяков и приказных, столько же членов их семей.
Среди убитых оказались: главные дьяки Новгорода К. Румянцев и А. Бессонов, боярин В. Д. Данилов, заведовавший пушечными делами, а также виднейший боярин Ф. Сырков, принимавший ранее участие в составлении «Великих Читей-Миней» и построивший на свои средства несколько церквей (его сначала окунули в ледяную воду Волхова, а затем живьем сварили в котле). После этого царь начал объезжать новгородские монастыри, отбирая у них все богатства, а опричники осуществили общее нападение на новгородский посад (остававшийся до тех пор нетронутым), в ходе которого погибло неведомое количество людей. С храма св. Софии были сняты Васильевские ворота и перевезены в Александрову слободу.
Расправившись с Новгородом, царь выступил на Псков. Его слуги убили игумена Псково-Печерского монастыря Корнилия, старца Вассиана Муромцева (с которым прежде переписывался А. М. Курбский), двух городовых приказчиков, одного подьячего и 30–40 боярских детей.
После похода начался «розыск» о новгородской измене, проводившийся на протяжении 1570 года, причем, к делу были привлечены и многие видные опричники. От этого дела сохранилось только описание в Переписной книге Посольского приказа: «Столп, а в нем статейной список из сыскного из изменного дела 78-го (1570) году на ноугородцкого архиепископа Пимина, и на новгородцких дьяков, и на подьячих, и на гостей, и на владычних приказных, и на детей боярских, и на подьячих, как они ссылались к Москве (были в связи с Москвой; далее – список)… что архиепископ Пимин хотел с ними Новгород и Псков отдати Литовскому королю, а царя и великого князя Ивана Васильевича всея Русии хотели злым умышлением извести, а на государство посадити князя Володимера Ондреевича; и в том деле с пыток многие про ту измену на новгородцкого архиепископа Пимина и на ево советников и на себя говорили, и в том деле многие кажнены смертью розными казнми, а иные разосланы по тюрмам, а до ково дело не дошло, и те свобождены, а иные и пожалованы».
В 1571 году на Русь вторгся крымский хан Девлет-Гирей. Разложившаяся опричнина при этом продемонстрировала полную небоеспособность: привыкшие к грабежам мирного населения опричники просто не явились на войну, так что их набралось только на один полк (против пяти земских полков).