Во время осады Тарваста в 1561 Радзивилл убедил воевод Кропоткина, Путятина и Трусова сдать город. Когда они вернулись из плена, то около года просидели в тюрьме, и Грозный простил их.
В 1562 году из-за отсутствия пехоты князь Курбский был разгромлен литовскими войсками под Невелем. 7 августа был подписан мирный договор между Россией и Данией, по которому царь согласился с аннексией датчанами острова Эзель.
15 февраля 1563 года сдался польско-литовский гарнизон Полоцка. Здесь по приказу Грозного был утоплен в проруби Фома, проповедник реформационных идей и сподвижник Феодосия Косого.
На предложение германского императора Фердинанда заключить союз и объединить усилия в борьбе с турками царь заявил, что он воюет в Ливонии практически за его же интересы, против лютеран. Царь знал, какое место занимала в политике Габсбургов идея католической контрреформации. Выступая против «Лютерова учения», Грозный задевал весьма чувствительную струну габсбургской политики.
Как только литовские дипломаты покинули Русь, военные действия возобновились. 28 января 1564 года полоцкая армия П. И. Шуйского, двигаясь в сторону Минска и Новогрудка, неожиданно попала в засаду и была наголову разбита войсками Н. Радзивилла. Грозный немедленно обвинил в предательстве воевод М. Репнина и Ю. Кашина (героев взятия Полоцка) и велел убить их. Курбский в связи с этим укорял царя, что он пролил победоносную, святую кровь воевод «во церквах Божиих». Несколькими месяцами спустя в ответ на обвинения Курбского Грозный прямо писал о совершенном боярами преступлении.
В 1565 году Август Саксонский констатировал: «Русские быстро заводят флот, набирают отовсюду шкиперов; когда московиты усовершенствуются в морском деле, с ними уже не будет возможности справиться…».
В сентябре 1568 года был свергнут с престола союзник царя Эрик XIV. Грозный мог лишь сорвать злость по поводу этой дипломатической неудачи, арестовав послов, присланных новым шведским королем Юханом III с объявлением разрыва договора 1567 года, но изменить антирусский характер шведской внешней политики это не помогло. Великая восточная программа ставила целью захват и включение в состав Шведского королевства не только тех земель в Прибалтике, которые были заняты Россией, но и Карелии, и Кольского полуострова.
В марте 1570 года Иван Грозный выдал «царскую грамоту» (каперское свидетельство) датчанину Карстену Роде. В мае того же года, купив и оснастив корабли на царские деньги, Роде вышел в море и до сентября 1570 года промышлял в Балтийском море против шведских и польских купцов.