За свою недолгую жизнь (51 год) Папюс успел стать членом нескольких эзотерических братств, возглавить их или создать: это и Каббалистический Орден Розы и Креста, и Орден Мартинистов с внутренним Орденом Избранных Коэнов, Гностическая церковь (Вселенская и Французская), Объединение орденов Древнего и Изначального Устава Мемфиса и Мицраима, Орден Восточных Тамплиеров, — хотя он так и не вошел в какую-либо ложу «официального» масонства.
Главным делом его жизни, что совершенно не удивительно, был и оставался его собственный мартинистский путь, который он проложил меж Сциллой, Харибдой и неназванным третьим чудовищем (если стараться уложить реальность в избитую метафору). Мартинистское учение дошло до нашего времени в трех основных изводах, если не взаимоисключающих, то, по крайней мере, весьма непростых для любого исследователя, пытающегося найти между ними нечто общее.
Наследие Мартинеса Паскуалиса — духовидческая традиция Избранных Коэнов — призывает напрямую общаться с духовными сущностями и просить их наставления.
Наследие Луи-Клода де Сен-Мартена — Путь Сердца — свидетельствует о единственном доступном пути воссоединения с Изначальной сущностью Первочеловека посредством внутреннего молчаливого самосовершенствования и молитвы.
А наследие Жана-Батиста де Виллермоза — путь Исправленного Шотландского Устава — лежит в области традиционного масонства.
И Папюс умудрился соблюсти Золотую середину, создав тот современный мартинистский орден, который в разной степени включает в себя все перечисленные выше свойства, на основе их синтеза создав собственный мощный эгрегор, питающий своих посвященных духовными силами. Естественно, что он стремился включить в сферу своего эгрегора максимальное количество своих знакомых и друзей и так или иначе обратить на пользу своему любимому детищу любимые детища своих друзей. На тему Гностической церкви он написал очень мало, несравнимо мало относительно количества работ на иные эзотерические темы. Зато мартинизм и иллюминизм в масонстве занимали весь его ум — и может быть, именно поэтому во время своего эпического путешествия в Россию он произвел впечатление настоящего пассионария и пророка на петербургский высший свет. Именно с Папюсом связывают наполовину мифическую «дворцовую мартинистскую ложу», в которую якобы входила правящая чета Романовых. Членство в мартинистских ложах нескольких приближенных царской семьи и великих князей, впрочем, доказано документально.
В 1907 году фактически под давлением Анкосса Жан Брико основал собственное отделение Гностической церкви, чья структура и доктрина были ближе к Римско- католической церкви, чем к катарской. Дуанель, Брико и Анкосс были мартинистами, поэтому и назвали свое отделение Гностической Католической Церковью, правопреемницей Гностической церкви Дуанеля, Кармелитской Церкви Вентра и Иоанитской Церкви Фабра-Палапра, официальной церковью Ордена Мартинистов.