В результате в декабре 1793 года де Сада арестовали по обвинению в модерантизме и поместили в тюрьму Мадлонет. Затем его переводили из одной парижской тюрьмы в другую, и к лету 1794 года он оказался узником монастыря Пикпюс, превращенного в место содержания государственных преступников. Среди прочих заключенных там в это время находился и известный писатель Шодерло де Лакло. Неподалеку от монастыря, возле заставы дю Трон, стояла гильотина, и тела казненных хоронили в монастырском саду. Позднее, через год после освобождения, де Сад так описывал свои впечатления от тюрем революции: «Мой арест именем народа, неумолимо нависшая надо мной тень гильотины причинили мне больше зла, чем все бастилии, вместе взятые».
Приговоренного к смерти, его должны были гильотинировать вместе с двумя десятками других узников 8 термидора (26 июля). Счастливый случай спас де Сада: в неразберихе, царившей в переполненных тюрьмах, его просто потеряли. После переворота 9 термидора действие распоряжений якобинского правительства было приостановлено, и в октябре 1794 года по ходатайству депутата Ровера де Сад был освобожден.
В 1795–1800 годах во Франции и Голландии вышли основные произведения де Сада: «Алина и Валькур, или Философический роман» (1795), «Философия в будуаре» (1795), «Новая Жюстина, или Несчастная судьба добродетели» и «Жюльетта, или Преуспеяния порока» (1797), «Преступления любви, или Безумства страстей» (1800). В этом же году де Сад издал свой новый роман — «Золоэ и два ее приспешника», в персонажах которого публика сразу узнала Наполеона Бонапарта, недавно провозглашенного Первым Консулом, его жену Жозефину и их окружение. Разразился скандал. Наполеон не простил писателю этого памфлета, и вскоре де Сад как автор «безнравственных и аморальных сочинений» был заключен в тюрьму Сен-Пелажи.
В 1803 году маркиз был признан душевнобольным и переведен в психиатрическую клинику в парижском пригороде Шарантон. Там де Сад провел все оставшиеся годы жизни и умер 2 декабря 1814 года, в возрасте 75 лет. В своем завещании он просил не подвергать тело вскрытию и похоронить его в Мальмезоне, в принадлежавшем ему ранее имении. Исполнено было только первое пожелание писателя, местом же упокоения стало кладбище в Шарантоне. По просьбе родственников могила де Сада осталась безымянной.
За годы, проведенные в Шарантоне, писателем был создан ряд исторических произведений, опубликованных в основном уже после его смерти: роман «Маркиза де Ганж», полностью использующий арсенал готического романа; сентиментальная история под названием «Аделаида Брауншвейгская», отличающаяся глубиной проработки исторического материала; роман «Изабелла Баварская, королева Франции». Там же, при покровительстве директора клиники, маркиз имел возможность реализовать обуревавшую его с юношеских лет страсть к театру. На спектакли, поставленные де Садом и исполняемые пациентами клиники, съезжался весь парижский свет. Обширное драматическое наследие де Сада, состоящее из пьес, сочинявшихся автором на протяжении всей жизни, еще ждет своих исследователей и постановщиков.