«Преподобнии и богоноснии отцы наши Печерскии, зде телесы вашими на ложах почивающии, молитвенницы о всем мире преславнии, молите Бога о мне грешнем, да сохранит мя Своею благодатию, и да просветит помраченный грехми ум мой светом божественного познания, и по кончине моей да сподобит мя Царствия Своего Небеснаго». Эту молитву должен прочитать каждый человек при выходе из пещер. После завершения строительства Успенского собора Ближние и Дальние пещеры стали местом уединения подвижников и местом погребения закончивших свой земной путь монахов. В Ближних пещерах первым был погребен в 1073 году преподобный Антоний, а в Дальних — преподобный Феодосий в 1074 году.
Во время Батыева нашествия в 1240 году, когда Печерский монастырь был практически полностью разрушен, пещеры вновь стали местом обитания монахов. Надо сказать, что сведения о пещерах, относящиеся к периоду от второй половины XIII века и до конца XVI веков, очень скудны. Лишь на рубеже XVI и XVII веков пещеры стали открывать свои тайны. Наиболее интересные сведения о лаврских подземельях оставили посол немецкого императора Рудольфа II Эрих Лясота, побывавший в Киеве в 1594 году, и лаврский инок Афанасий Кальфонийский в изданной в 1638 году книге «Тератургима». Они немало попутешествовали в сопровождении иноков по пещерам и оставили весьма интересные воспоминания. В частности, Лясота писал: «Пещеры эти бывают в рост человека, а кое-где такие низкие, что надо нагибаться, но они такие широкие, что двое могут разминуться… Вход отделан почти так же, как это бывает при входах в шахты». А в книге Афанасия Кальфонийского было впервые представлено подробное описание пещер и их схематический план.
Подземелья Киево-Печерской лавры хранят немало тайн. Одна из них связана с Ильей Муромцем, самым известным русским былинным героем. Все знают его подвиги, за которые церковь причислила его к лику святых. Но где преподобный Илья из Мурома нашел свое успокоение? О том, что тело Ильи лежит в пещерах Печерского монастыря, говорится в древнерусских легендах, но письменные источники времен Киевской Руси об этом факте умалчивают. Однако Эрих Лясота в своих записках о путешествии по Киево-Печерской лавре рассказывает о виденной им «опустевшей гробнице легендарного воина Ильи Муровлина». А Афанасий Кальфонийский говорит о «почивающих в Печерских пещерах мощах святого Илии» как о действительном факте. В советское время были проведены исследования печерских захоронений, в том числе и мощей, которые, как предполагалось, принадлежали Илье Муромцу. Результаты этих исследований выявили поразительное сходство со сведениями о богатыре, известными из древнерусских былин. Рост его составлял около 180 см (а это как минимум сантиметров на 20 выше обычного для тех времен роста), он обладал хорошо развитой мускулатурой. Но что самое удивительное, ученые установили, что человек, чьи останки приписываются Илье Муромцу, в юности страдал болезнью позвоночника, которая могла привести к неподвижности. Так что вполне вероятно, что Илья Муромец действительно «тридцать лет и три года сидел неподвижно на печи», как о том повествуют былины.