Жизнь в обители вскоре возобновилась, вновь был отстроен Успенский собор. Но монгольские орды не оставляли в покое Киев и его святыни. В 1399 и 1416 годах Печерский монастырь вновь был практически полностью разрушен войсками хана Эдигея. В 1470 году киевский князь Симеон Олелькович восстановил и по-новому украсил Печерский монастырь. Однако труды мастеров вновь были уничтожены. В 1483 году крымский хан Менгли-Гирей во время набега на Киев сжег и ограбил монастырь. А спустя четыре с лишним столетия у Батыя, Эдигея и Менгли-Гирея нашлись «достойные последователи». Большевики лавру хоть и не разрушали, однако распоряжались ею по-своему. 29 сентября 1926 года ВУЦИК и Совет Народных Комиссаров УССР приняли постановление «О признании бывшей Киево-Печерской лавры историко-культурным государственным заповедником и о превращении ее во Всеукраинский музейный городок». К 1929 году братия была полностью выселена из монастыря, часть монахов были расстреляны.
Все-таки Киево-Печерской лавре в какой-то степени повезло. Ее хотя бы не постигла судьба тысяч монастырей и храмов, разрушенных за годы советской власти. В 30-х годах XX века на ее территории располагались крупнейшие музеи Украины: книги и книгопечатания, украинского народного декоративно-прикладного искусства, театрального, музыкального и киноискусства Украины. Но на что не решились большевики, сделали гитлеровские захватчики. 3 ноября 1941 года немецкие оккупанты разграбили и взорвали Успенский собор.
В 1942 году деятельность Печерского монастыря была восстановлена (хотя лавра в тот момент лежала практически в руинах). Некоторое время советская власть «милостиво» не трогала лавру, но в 1961 году монастырь вновь был закрыт.
1988 год стал годом возрождения Киево-Печерской лавры. В связи с празднованием 1000-летнего юбилея крещения Киевской Руси согласно постановлению Совета министров УССР украинскому экзархату Русской православной церкви была передана территория Дальних пещер со всеми наземными и подземными сооружениями, а через два года — территория Ближних пещер. А в 2000 году был наконец-то полностью восстановлен почти шестьдесят лет лежавший в руинах Успенский собор.
Но вернемся назад, к истокам становления Киево-Печерской лавры. Как мы уже говорили, в 1060-х годах братия перешла из выкопанных на склонах Днепра пещер в наземный деревянный монастырь. Однако пещеры не только не потеряли своего значения для жизни монастыря и его обитателей, а постоянно расширялись. О протяженности печерских подземных сооружений существует масса легенд, воображение побывавших там людей рисует длиннейшие ходы, которые якобы связывают Киево-Печерскую лавру с другими монастырями Киева, Киевской и даже Черниговской областей. Например, итальянский путешественник Алессандро Гваньини, побывавший в Киеве в 1581 году, писал об огромных пещерах под Киевом, которые, «как свидетельствуют некоторые, тянутся на 80 миль». А польский географ Станислав Сарницкий утверждал, что пещеры «прокопаны аж до Новгорода Великого». Конечно же, пещеры не простираются так далеко, но подземелья Киево-Печерской лавры действительно уникальны.