В 1620 году Михаил Хмельницкий оставил Субботов и отправился вместе со своим сыном Богданом искать славы в битвах с турками. Но вместо славы и почестей нашел казачий сотник в битве под Цецерою смерть свою, а сын его попал в плен и мыкался в рабстве. Через два года мать и побратимы отца смогли выкупить Богдана, и он возвратился в Субботов. Приняв во владение отцовский хутор, Богдан наладил в нем успешное хозяйство. И все бы хорошо, да только положил глаз на Субботов польский шляхтич Чаплинский, любимец нового чигиринского старосты Александра Конецпольского.
Богдан Хмельницкий до поры до времени усердно служил польской короне. Как говорится, было за что — он занимал должность и имел свою землю. Но польская корона не смогла защитить его от притязаний более сильного соперника. Дело в том, что, по законам Речи Посполитой, распоряжаться землей мог только тот староста, которому она была отдана в пользование. Наследники же старосты должны были вновь доказывать свои права на землю. Богдан Хмельницкий сумел получить от короля Владислава IV грамоту, подтверждавшую его права на Субботов и окружающие степи. Однако же Хмельницкому было указано, что королевская грамота — это никчемная бумажка, поскольку по закону польский король не имеет право отчуждать землю без разрешения сейма. Хутор был передан Чаплинскому. Хмельницкий отказался передать свою собственность новому хозяину, и тогда Чаплинский, в отсутствие Хмельницкого, силой занял Субботов. А чтобы «холопскому отродью» не повадно было идти против благородного шляхтича, Чаплинский приказал жестоко высечь десятилетнего сына Хмельницкого Тимофея.
Богдан Хмельницкий пытался найти защиту по закону, однако все его жалобы на произвол Чаплинского были отклонены. Последней надеждой было слово короля, но и он отказался помочь Хмельницкому — Субботов окончательно отошел к Чаплинскому. Знала бы Речь Посполита, чем обернется этот мелкий имущественный конфликт. Чаплинский, упиваясь своей победой и стремясь еще больше унизить своего соперника, добился ареста Хмельницкого. Однако чигиринский полковник Кричевский помог тому бежать. В декабре 1647 года Богдан Хмельницкий пробрался на Запорожскую Сечь, спустя некоторое время на казацкой Раде был избран гетманом и возглавил освободительный поход украинского народа против польского владычества.
Когда поляки были изгнаны из Украины, Богдан Хмельницкий, уже не чигиринский староста, а гетман Украины, вновь вступил во владение Субботовым и окружающими землями. Он построил в Субботове большую усадьбу и две церкви: Михайловскую и Ильинскую (кстати, эта церковь изображена на купюре в 5 гривен). В 1657 году Ильинская церковь стала гетманской усыпальницей, здесь были похоронены сам Богдан Хмельницкий и его сын Тимофей. Но не на долго славные сыны украинского народа обрели здесь свой покой. Через семь лет отряд под командованием польского шляхтича Чарнецкого неожиданным маневром овладел Субботовым. Для поляков не было злее врага, чем Богдан Хмельницкий. Родовое гнездо гетмана было разорено, усадьба сожжена, могилы Богдана и Тимофея Хмельницких осквернены, а тела их по приказу Чарнецкого были выброшены на площадь. После русско-турецкой войны 1677–1678 годов Субботов окончательно запустел, и только в середине XVIII столетия в этих местах вновь стали селиться люди.