Жизнь Одри, как и всех голландцев, переменилась в одно мгновение. Королева Вильгельмина со своими министрами отплыли в Англию, а их место заняло марионеточное правительство Антона Мюссерта. Дома жителей были захвачены оккупантами, золото и прочие ценности конфискованы, евреи и «неблагонадежные» согнаны в концлагеря. Одного из братьев Одри отправили в трудовой лагерь в Германии, ее дядю расстреляли, а в особняке ее деда разместился немецкий штаб. Чтобы не выглядеть «представителем враждебного государства», Одри пришлось скрывать, что ее отец англичанин, на людях она говорила только по-голландски и стала называть себя Эддой. Ее родные даже подделали ее свидетельство о рождении, дописав нужные закорючки в документы ее матери: отсюда пошла легенда о том, что Эдда Кетрин — настоящее имя Одри, а не вынужденно взятый псевдоним. Хотя девочка хорошо знала голландский, тогда она все же говорила на нем далеко не так свободно, как ее одноклассницы, и начала чувствовать свою ущербность. «Я даже не умела говорить так, как другие дети. Я вся была какая-то неестественная и застенчивая», — вспоминала она.
Чтобы не сойти с ума от страха и ужаса, Одри продолжала заниматься балетом, деньги на ее занятия Элла зарабатывала уроками бриджа. Вскоре, правда, балетный класс в консерватории закрыли, и Элла оборудовала класс для занятий в доме у своей знакомой — туда приходили несколько девочек и нанятый в складчину педагог. А позже Одри сама вела занятия у младших. «В той маленькой квартирке, которую они занимали, — вспоминала Памела Эвертс, — не было места для балетной перекладины, но я помню, как Одри просила детей класть ногу на подоконник, используя его в качестве перекладины». Иногда ей удавалось заработать немного денег, выступая перед несколькими гостями — собираться большими компаниями не разрешали законы военного времени, и зрители, чтобы не привлекать внимания патрулей, хлопали беззвучно. В основном собранные деньги шли в казну Сопротивления; для себя и своей семьи Одри брала лишь малую часть.
Среди легенд, сочиненных журналистами об Одри, особое место занимают предания о ее героическом участии в голландском Сопротивлении. Безусловно, они сильно преувеличены — Одри была еще мала, к тому же большую часть времени она проводила на занятиях танцами, — но доля правды в этих рассказах все-таки есть. Известно, что Одри помогала распространять антинацистские листовки и переписанные от руки тексты выступлений английских радиостанций, пряча листки в туфлях. А однажды она была связной между Сопротивлением и скрывавшимся в арнемских лесах английским парашютистом. На обратном пути она наткнулась на немецкий патруль. Позже Одри рассказывала, что единственное, что пришло ей в голову, — это сделать реверанс и подарить патрульному букет полевых цветов, который она зачем-то нарвала по дороге. Патрульные сочли это проявлением вежливости и покорности, а она тряслась от страха…