В эти годы Томас встретился с юной вдовой Мартой Уэйлс Скелтон и влюбился в нее. Она ответила взаимностью. 1 января 1772 г. состоялась свадьба. Вдова была богата, и молодая семья ни в чем не нуждалась. Они счастливо прожили десять лет. Их жизнь омрачалась только болезненностью Марты и смертью детей. Из шестерых в живых остались только двое. Остальные угасли в раннем возрасте. К великому горю Джефферсона, Марта умерла в 1782 г., оставив ему в утешение двух обожавших его дочерей – Мэри и Марту.
Открывшийся 5 сентября 1774 г. Конгресс принял решение о бойкоте английских товаров. В колониях стали готовиться к репрессиям. Председателем Комитета безопасности в Албемарле избрали Джефферсона. Комитет объявил о призыве добровольцев и приступил к формированию ополчения. Те, кому не хватало оружия, должны были взять в руки томагавки. Кроме того, Томас вошел в состав «Комитета пятнадцати», избранного палатой для разработки плана создания вооруженных сил в Виргинии.
Чуть позже Джефферсона включили в состав делегации на Второй континентальный конгресс. На этом историческом форуме одним из основных стоял вопрос о выработке документа, получившего впоследствии название Декларации независимости. В состав комиссии по ее составлению вошли Бенджамин Франклин, Джон Адамс, умеренные представители Пенсильвании и Нью-Йорка Дикинсон и Ливингстон и Томас Джефферсон. Томасу поручили самостоятельно составить текст. Всего за 17 дней ему удалось выполнить эту сложнейшую, не имеющую аналогов работу. 4 июля 1776 г. исторический документ был принят с минимальными изменениями. По своей сути Декларация явилась политическим кредо ее автора. Впервые в человеческой истории было провозглашено, что народ является единственным вершителем своей судьбы, что власть правительства основана лишь на «согласии управляемых» и если народ решит, что власть угрожает их «безопасности и счастью», его «право на революцию не подлежит никакому сомнению».
Как только текст Декларации появился в прессе, на улицы Филадельфии высыпали люди. Перед зданием, где заседал Конгресс, собрались тысячи ликующих американцев. В городе звонили колокола. Народ праздновал рождение своего независимого государства. С тех пор в США 4 июля стало главным национальным праздником, в появлении которого решающую роль сыграл Томас Джефферсон.
1 июня 1779 г. автор Декларации независимости был избран губернатором Виргинии и пробыл на этом посту до 1782 г. Его отказу баллотироваться в третий раз способствовали смерть жены и пошатнувшиеся хозяйственные дела. Политику больше импонировали мирные труды над «Заметками о Виргинии», которые он писал по просьбе секретаря французского посольства в Филадельфии. Книга стала одним из лучших трудов о Виргинии и до сих пор читается с неослабевающим интересом.