К главным недостаткам деятельности Повстанческого штаба можно было отнести явную недооценку требований конспирации и наличие предателей. Вследствие этого, деятельность штаба по установлению связей с повстанкомами на территории УССР привела в дальнейшем к раскрытию и ликвидации целого ряда повстанческих организаций.
К самым большим недостаткам деятельности Повстанческого штаба надо было отнести отсутствие трезвой оценки состояния повстанчества и его развития. Только в конце лета 1921-го года, когда повстанческие силы в Украине были уже в своей основной части или разгромлены чекистами, или деморализованы, началась подготовка к выступлению Армии УНР. Эта подготовка была инициирована Повстанческим штабом в связи с тем, что в начале сентября состоялось обострение польско-советских отношений. Однако, после урегулирования конфликта, начало рейда снова перенесли, уже на октябрь.
При разработке плана общего восстания Повстанческий штаб активно использовал предыдущий план, разработанный в 1920-м году. Главной задачей восстания оставалось объединение действий регулярной Армии УНР с действиями партизанских отрядов. Планировалось общее одновременное восстание на всей территории Украины, сигналом к началу которого должно было стать наступление Армии УНР с территории Польши и Румынии. До этого времени повстанческие организации должны были накапливать свои силы и воздерживаться от больших акций.
Повстанческие комитеты на территориях УССР должны были выполнять функции гражданской повстанческой власти, а партизанские отряды — функции подчиненной ей военной силы. Руководителями повстанческих организаций должны были быть политические лидеры, а руководителями партизанских отрядов — кадровые военные армии УНР. Существовала централизованная система командующих повстанческими группами и районами, общее руководство которыми возлагалось на Повстанческий штаб при главной команде войск УНР. В этой системе главным звеном должна была быть гражданская власть, но, по сути, повстанческим делом всегда руководили военные. Такая ситуация сложилась как за границей, так и на территории УСРР, где во многих случаях повстанческий атаман и его штаб принимали на себя функции повстанкома.
Во время подготовки и в период восстания Армия УНР была руководящим звеном повстанческих сил, ее кадровым ядром. На подготовительном этапе в УСРР направлялись отдельные старшины и небольшие их группы, которые организовывали повстанческую работу на местах и формировали из местного населения партизанские отряды. Во время следующего рейда в Украинскую Повстанческую Армию должны были влиться все партизанские отряды. Главная задача армии при этом состояла в укреплении, и управлении партизанской стихией с дальнейшим преобразованием этой стихии на регулярные войсковые подразделения.