Кризис в руководстве Компании в Индонезии помешал голландцам быстро принять ответные меры против Банда. Между тем в Голландии к этому времени уже осознали необходимость централизованного руководства делами Ост-Индской компании в Южных морях. Если раньше власть была разделена между адмиралами, командирами эскадр, крейсировавших между Африкой и Японией, то теперь был создан пост генерал-губернатора голландской Объединенной Ост-Индской компании, который вместе с состоящим при нем Советом Индии из пяти человек должен был стать высшей инстанцией при решении всех вопросов текущей политики Компании на Востоке. Первым генерал-губернатором был назначен Питер Бот, который 19 декабря 1610 г. прибыл в Бантам с эскадрой из 11 кораблей. На борту эскадры находился значительный контингент солдат, протестантские пасторы для ведения христианской пропаганды, а также ремесленники с семьями, которые должны были стать первыми голландскими колонистами в Юго-Восточной Азии [263, с. 126; 280, с. 80].
Боту в первую очередь пришлось наводить порядок среди разложившихся служащих Компании на Яве. Генеральный директор голландской компании в Бантаме Матео Котеелс, как оказалось, совершенно спился, устраивал дикие дебоши, оскорблял бантамских вельмож и их жен, издевался над бантамскими простолюдинами[4]. Не лучшим образом вел себя Абрахам Тхеу-неманс, глава только что основанной в Джакарте голландской фактории. Князь (пангеран) Джакарты жаловался, что Тхеу-неманс избивал местных жителей, а нескольких китайцев держал в заключении.
Кроме того, большинство голландских служащих в Индонезии активно занимались частной торговлей в ущерб монополии Компании. Бот провел большую работу по чистке административного аппарата и заменил разложившихся чиновников новыми кадрами. Среди этих новых людей наиболее видное место занимал 26-летний Ян Питерсзон Кун, впервые прибывший в Индонезию в 1607 г. Энергичный и одаренный молодой человек, владевший семью языками, за пять лет проделал путь от младшего купца (низшая должность в иерархии голландской Компании) до главного бухгалтера Компании (следующий пост после генерал-губернатора). По совместительству он был назначен главой факторий в Бантаме и Джакарте. Именно в мозгу Куна впервые зародилась идея создания в Юго-Восточной Азии голландской колониальной империи с центром на Яве, там, где сходилось большинство торговых путей. Директора Компании в Голландии и тогда и долгое время после этого считали, что для Компании гораздо экономичнее извлекать прибыль из сети торговых факторий, а территориальные приобретения (если не считать крошечных островов Пряностей) слишком обременят бюджет Компании и резко снизят ее прибыли. Кун, однако, с упорством фанатика в течение всей жизни стремился к поставленной цели. И он действительно заложил основы голландской колониальной империи, хотя общая площадь приобретенных при нем владений была весьма скромной [262, с. 83].