Как считают историки, первоначально Екатерина и ее сторонники не планировали массовой резни, намереваясь устранить лишь Колиньи и два десятка его ближайших сторонников, однако жаждавшая крови толпа вышла из-под контроля. С тех пор имя Екатерины Медичи навсегда окрасилось кровью – и несмотря на все ее государственные таланты, в людской памяти она осталась той, кто развязал Варфоломеевскую резню.
Между тем католические правители Европы приветствовали инициативу Екатерины: она получила поздравления от папы, испанского короля и многих других, радовавшихся тому удару, который был нанесен по ненавистным еретикам. Лишь ее собственный сын Карл, потрясенный зрелищем кровавой резни, обвинял мать в убийстве. Его здоровье, и без того слабое, ухудшается с каждым днем. Наконец Карл, измученный лихорадкой, скончался в Венсеннском замке 30 мая 1574 года, не дожив месяца до своего двадцатичетырехлетия. Причиной его смерти был плеврит, развившийся из-за запущенного туберкулеза. Последними его словами были: «О, моя мать…»
Существует версия, что Карл был случайно убит своей матерью: она приготовила отравленную книгу для Генриха Наваррского, однако первым ядовитые страницы открыл Карл.
Королем Франции стал Генрих III – третий сын Екатерины, ее обожаемый мальчик, «Мое все», как она называла его в письмах. Ради французской короны Генрих отказался от польского трона, на который его избрали в мае 1573 года. Впрочем, поляки и так несильно жаловали нового короля: он был избалованным, эгоистичным ребенком, увешанным драгоценностями и – по слухам – предпочитал в постели мужчин. Когда-то Екатерина планировала женить его на Елизавете Английской, однако та расторгла помолвку. Во время своего польского царствования он влюбился в Луизу Лотарингскую, на которой женился в феврале 1575 года, через два дня после коронации.
В отличие от своих братьев, Генрих занял престол, будучи уже вполне взрослым. Он был в состоянии сам управлять государством и не намеревался уступать власть матери. Та, обожающая Генриха сверх меры, была готова смириться: она взяла на себя роль его посланницы и без устали колесила по стране, пытаясь примирить католиков и гугенотов. Наибольшие огорчения доставлял ей ее младший сын Франсуа, герцог Алансонский: он постоянно интриговал против брата, затевал заговоры и вел неудачные войны. Военная кампания в Нидерландах, которой руководил Франсуа, провалилась – и через полгода Франсуа скончался. На следующий день Екатерина написала: «Я настолько несчастна, живя достаточно долго, видя, как много людей умирают раньше меня, хотя я понимаю, что желанию Бога нужно повиноваться, что Он владеет всем и то, что Он одалживает нам, только до тех пор, пока Он любит детей, которых Он дает нам».