Между тем Мария по-прежнему была замужем, а Босуэл – женат: причем супругу, леди Джейн Гордон, ему подыскала сама Мария. Правда, брак этот был неудачным: Босуэлу было нужно только приданое, а сама Джейн любила другого, так что брак быстро стал формальным.
Иногда на помощь влюбленным приходит бог, а иногда – дьявол. В данном случае о божественном вмешательстве не было и речи: 10 февраля 1567 года лорд Дарнли погиб: его дом взорвался, а сам он был найден во дворе убитым – видимо, при попытке к бегству. История этого убийства до сих пор остается одной из самых зловещих и загадочных в истории страны: ученые так до конца и не установили, кто же руководил заговором, спорят и о том, какие роли сыграли в нем Мария и Босуэл. Сама ли королева отдала приказ убить надоевшего супруга, или Босуэл самостоятельно решился устранить соперника, или Дарнли мстили его бывшие соратники по заговору, а может быть, его гибель на совести оппозиции, желавшей таким образом одним махом избавиться от политического противника и очернить нежеланную королеву? Молва однозначно обвиняла Босуэла в причастности к убийству, не щадили слухи и Марию, тем более что она ничего не сделала для того, чтобы оправдаться. Вместо этого уже 15 мая того же года королева обвенчалась с Босуэлом, всего полтора месяца как получившим развод. Венчание прошло по протестантскому обряду, затем был дан ужин. Утром на воротах дворца обнаружили пришпиленную бумагу с изречением Овидия: Mense malas maio nubere vulgus ait («Распутницы выходят замуж в мае»).
По слухам, такая спешка была вызвана беременностью Марии: по одной версии, через несколько месяцев королева втайне родила мертворожденных близнецов, по другой – у нее родилась дочь, которую передали на воспитание монахиням.
Супружеский союз Марии – неверной жены и Босуэла – убийцы соперника вызвал волну возмущения в стране. Уже скоро очередной заговор «конфедерации лордов» вынудил королеву и Босуэла бежать из Эдинбурга, а вскоре Мария Стюарт была вынуждена сдаться на милость восставших: напоследок она убедилась в том, что ее обожаемый Босуэл скрылся. Ее отвезли в замок Лохлевен, где она 24 июля подписала отречение от престола в пользу своего сына.
Босуэл успешно скрылся в своих владениях, однако они вскоре были конфискованы парламентом. Он бежал в Норвегию, где его – ирония судьбы – заключили в тюрьму родственники совращенной им когда-то девушки. Он скончался в тюрьме в апреле 1578 года, сорока трех лет от роду. По преданию, под конец жизни он сошел с ума. В мае 1568 года Мария с помощью нескольких верных ей дворян сбежала из Лохлевена, однако ее небольшая армия снова была разбита. Марии оставалось только бежать в Англию и обратиться за помощью к своей давней сопернице – Елизавете Английской.