В Комитет регулярно поступала информация о численности армий европейских государств, их вооружении и обучении. Одним из направлений работы становилось изучение возможностей проведения операции но захвату черноморских проливов и «освобождению Константинополя» от «османского владычества». Все это тщательно изучалось и анализировалось штабными работниками, и все это стало в будущем основой оперативно-стратегических планов России накануне Второй Отечественной войны. В 1902 г., во время служебной командировки в Одесский военный округ, Михаил Васильевич присутствовал на окружных маневрах, проводившихся совместно с Черноморским флотом. Была проведена довольно сложная но тем временам операция — высадка десанта, при поддержке корабельной артиллерии. Однако Алексеев остался не вполне удовлетворен результатами учений, отмечая в отчете недостаточную оперативность десанта при погрузке и высадке, а также необходимость более смелых и точных действий командования, офицеров и матросов флота.
Успешно продолжалась и преподавательская деятельность Алексеева. С ноября 1893 г. он начал проводить занятия по уже привычному для него курсу тактики в Николаевской академии Генерального штаба. Более двадцати лет основным учебным пособием по этой дисциплине был учебник, написанный генералом Драгомировым, профессором кафедры тактики, являвшимся начальником Академии до 1889 г. Алексеев стремился по-новому, самостоятельно подойти к изложению материала и всегда отдавал предпочтение практике перед теорией.
В 90-е гг. обучение в Академии в очередной раз корректировалось. В учебный план, но инициативе генерал-майора Д.Ф. Масловского, был — «в виде опыта» — включен курс истории русского военного искусства. Хронологически лекции охватывали период с начала XVII века до середины XIX века включительно. Однако изучение последних по времени сражений Русско-турецкой войны 1877—1878 гг. не проводилось, в частности, из-за порочного стремления академического руководства исключить возможную отрицательную критику лекторами действий еще здравствующих военачальников, участников боевых операций на Балканах.
К концу 90-х гг. активным сторонником утверждения нового учебного курса являлся почетный член Русского военно-исторического общества полковник А.З. Мышлаевский. В его ходатайстве от Академии перед начальником Главного штаба указывалось, что «история… русского военного дела не нашла себе места ни в общем курсе истории военного искусства, ни в военной истории, которой не дозволяли останавливаться над деяниями русских полководцев». Просьба была удовлетворена, и в июне 1898 г. приказом но Военному ведомству в составе Академии была создана самостоятельная кафедра Истории русского военного искусства, реорганизованная позднее в кафедру Истории военного искусства. Впервые богатейший опыт отечественной и зарубежной военной истории стал изучаться комплексно, с учетом возможного его применения в будущем, а военно-патриотическое воспитание русского офицерства получило при этом дополнительный стимул.