В 1554 году герцог Эрколе попросил короля Генриха II прислать ему «умелого и энергичного обращающего души», и тот направил к нему не кого-нибудь, а самого Великого инквизитора Матьё Ори, который сурово отчитал герцогиню за ее неповиновение. Поначалу казалось, что Рене примирилась с текущим порядком вещей и уступила, однако Кальвин вел с ней тайную переписку, вследствие чего все попытки Ори образумить непокорную женщину оказались напрасны…
Тогда Эрколе решил прибегнуть к суровым мерам, в результате чего жена оказалась под замком, не имея возможности общаться со своими дочерьми, и, наконец (неслыханное дело), предстала перед трибуналом Инквизиции в качестве заурядной еретички. И это дочь Людовика XII!
Риск был очень велик: герцогине грозил костер. Впрочем, 6 сентября 1555 года судьи удовольствовались тем, что приговорили ее к пожизненному заключению с лишением всего имущества. На этот раз ее поместили в настоящую тюрьму… А неделю спустя разыгрался сущий спектакль: Рене раскаялась и признала все свои ошибки. 21 сентября она изъявила желание послушать мессу, а следующим воскресеньем даже причастилась. После этого Ори отбыл во Францию. Кошмар окончился.
Что же произошло? Усталость? Желание оказаться где-нибудь в более приятном месте, чем сырая и мрачная темница? Воспоминания о былых временах? Как бы то ни было, герцогская чета воссоединилась, и все стало как прежде. С тех пор Рене больше не сворачивала с праведного пути… Во всяком случае, уличить в чем-то еще ее не смогли.
Когда умер муж, она решила вернуться во Францию, где ее дочь Анна вышла замуж за герцога де Гиза. Ее сын Альфонсо, став герцогом, ополчился против протестантов в целом и матери в частности. Так что Рене покинула Феррару без особого сожаления, полагая, что во Франции она сможет вернуться к своим корням.
Так и случилось. Герцогиня стала жить в Монтаржи, несмотря на то, что карательные меры против гугенотов участились и стали жестче. Но Рене осталась верна своим идеям. В 1562 году в городе случился мятеж. Презрев запрет герцогини, группа вооруженных горожан заняла церковь, дабы протестанты не смогли туда войти. Вскоре волнения охватили весь город. Сторонники Реформации оказались буквально заперты в своих осажденных домах, и Рене пришлось направить своих людей, чтобы те разогнали толпу и отвели еретиков в замок, превратившийся в настоящее укрытие.
Герцог де Гиз направил одному из своих капитанов приказ очистить «гнездо гугенотов», но Рене яростно тому воспротивилась. «Подумайте о том, что вы творите, – прокричала она с вершины башни, – ни один человек в королевстве, кроме самого короля, не может мне приказывать. А если вы все же придете с войском, я первая встану на амбразуры, чтобы проверить, осмелитесь ли вы убить королевскую дочь!..» Осада города была снята, тем более что герцог де Гиз внезапно умер в Орлеанском лесу от руки некоего Полтро де Мере. После этого Рене объехала чуть ли не всю Францию, помогая обездоленным протестантам. Здесь она была сама щедрость и денег на пожертвования не считала.