Разрешить это противоречие, вызывающее производные противоречия, возможно было на основе либо последовательного материализма и атеизма, либо последовательного идеализма и теизма. Находясь под влиянием идейных традиций своего времени, он не смог справиться с этим противоречием. Он встал на путь примирения этих двух взаимоисключающих начал. Тем самым Сковорода не только сохранил свою теорию «двух натур», но и пришел к необходимости ее дальнейшего развития.
Тот факт, что он не разрывал мир «внешний» и «внутренний», рассматривая их в органическом единстве, не спасал дела. Теория «двух натур» является ярким проявлением противоречивости философских взглядов Сковороды, его колебания между идеализмом и материализмом. Противоречие не только не снималось, но воспроизводилось на более расширенной основе.
В «Иконе Алкивиадской» он говорит: «…вижу в сем целом мире два мира, един мир составляющия: мир видный и невидный, живый и мертвый, целый и сокрушаемый. Сей риза, а тот — тело; сей тень, а тот — древо; сей вещество, а тот — ипостась, сиречь: основание, содержащее вещественную грязь, так как рисунок держит свою краску» (15, стр. 381–382). Для него эти два мира не разгорожены непроходимой стеной, они едины в своем различии и различны в своем единстве. Положение это диалектично, однако высказано оно было на идеалистической основе. Вместе с тем сама диалектика этого положения неминуемо влекла его и к материалистическому его истолкованию.
Поэтому в этом же произведении Сковорода придает новый оттенок своей теории «двух миров» и высказывает глубокую мысль о том, что между явлением и его сущностью нет тождества, как нет и непроходимой пропасти. Это положение рассматривается на материальных, естественных процессах, потому оно вполне материалистично и к тому же носит диалектический характер. Но так как оно связано с гносеологией Сковороды, то будет рассмотрено в соответствующем месте.
В самой концепции Сковороды таилась возможность преодоления этого противоречия и потому, что он признал материальность, вечность, несотворимость и неуничтожимость мира, и потому, что он считал мир безусловно познаваемым. Теологическая же сторона его взглядов, дань прошлому, препятствовала превращению возможности в действительность. Только в последующем развитии прогрессивной философской мысли на Украине эта теологическая сторона была отброшена.
Понимая, что его теория «двух натур» носит дуалистический характер, мыслитель субъективно стремился вырваться из пут дуализма и прямо заявлял: «Два кота в меху скорее, нежели два начала, поместятся в мире» (16, стр. 433). Он хотел найти единую субстанцию, «единое начало» во множестве миров: «А я вижу в нем единое начало, так как един центр и един умный циркул во множестве их» (15, стр. 381). Но объективно дуализм этим еще не преодолевался, напротив, он был перенесен в ту сферу, из которой Сковорода хотел изгнать дуализм, а именно в сферу субстанции. Если все мироздание состоит из двух натур, двух миров, «един мир составляющих», а единство его коренится в «начале» или «субстанции», то остается выяснить, какова же эта «субстанция», каково это «безначальное начало» — материально или идеально?