Постепенно в университете Дитрих оказался в изоляции. На волне поднимающегося нацизма ему было отказано в пасторском служении. Разочарованный, осенью 1933 года он покинул Германию, чтобы принять пасторство над двумя немецкими церквями в Лондоне. Кое-кто, включая Карла Барта, критиковал его за выход из борьбы. Однако Бонхёффер использовал свои зарубежные контакты для того, чтобы побуждать церкви в Германии сопротивляться нацифицированному Евангелию.
В 1935 году он вернулся в Германию для того, чтобы возглавить нелегальную семинарию, расположенную неподалеку от Балтийского моря. Эта семинария отказалась от поддержки правительства и потому была свободна от политического вмешательства. Ее задача состояла в подготовке пасторов для Исповедующей церкви, которая должна была быть свободной от теологических ошибок «Немецких христиан», считавших нацизм совместимым со своими заветными чаяниями.
День в семинарии был построен Бонхёффером вокруг молитвы, размышления, чтения Библии и его лекций. Эти лекции легли в основу самой известной его книги «Цена ученичества». Несмотря на то что Гестапо в 1937 году закрыло семинарию, его наследие живо благодаря этой книге. Он напоминает тем «Немецким христианам», которые объединили христианство с национал-социализмом, что «крест превыше мира. Это означает, что человек (даже самый великодушный) должен, нравится это ему или нет, пасть в прах, а вместе с ним и все боги, идолы и хозяева этого мира. Крест Иисуса Христа — это горькая насмешка Божия над всеми человеческими высотами, мучительное страдание Бога во всех человеческих глубинах, правление Бога над всем миром».131
Тот, кто соединил Крест со свастикой, был подобен сделавшим золотого тельца в Ветхом Завете. Призыв следовать за Христом означал, что существует только один путь этого следования — оставить все, потому что «дорога к вере проходит через послушание призыву Иисуса».
В «Хрустальную ночь» 9 ноября 1938 года, когда полиция бездеятельно наблюдала за уничтожением еврейских магазинов, сожжением синагог и тюремным заточением евреев, Бонхёффер вернулся в Берлин в ярости на тех христиан, которые говорили, что все это — просто проклятие, которого евреи заслужили за смерть Христа. В тот день в своей Библии он подчеркнул текст из Псалма 73:7-8: «Предали огню святилище Твое; совсем осквернили жилище имени Твоего... Сожгли все места собраний Божиих на земле». Он порицал постыдное молчание церкви и настойчиво продолжал задавать вопрос: «Где Авель, брат твой?».
В следующем 1939 году Бонхёффер вернулся в Америку, чтобы переосмыслить свою верность Исповедующей церкви и устранить себя как символ церковного сопротивления. Он полагал, что его неизменное присутствие может навлечь гнев нацистов на ближайших коллег. Однако, не выдержав угрызений совести, спустя лишь месяц он вернулся в Германию.