Об участии в своей судьбе этого человека говорил сам Алексанян после освобождения из СИЗО в интервью «Нью тайме»: «Когда я сидел в тюрьме, ко мне приходили люди и говорили, что Сечин приказал: “Живым не выпускать!” Мне передавали такие пугалки и страшилки».
Василий Георгиевич не пробыл в новой должности и недели, когда 7 апреля 2006 года он был задержан спецназом (кадры захвата показывали по центральному телевидению) и затем арестован с подачи следствия Басманным районным судом г. Москвы. Та же команда следователей, которая создавала дела против Ходорковского и Лебедева, обвинила Алексаняна в хищении имущества ОАО «Томскнефть», а также акций ряда предприятий, внесенных государством в уставный капитал ОАО «Восточная нефтяная компания». Эти действия якобы были им совершены в составе организованной группы, куда также входили член Совета директоров ОАО «НК “ЮКОС”», первый заместитель председателя правления ООО «ЮКОС-Москва» Леонид Невзлин, заместитель начальника правового управления ООО «ЮКОС-Москва» Дмитрий Гололобов, начальник отдела по работе с предприятиями правового управления ООО «ЮКОС-Москва» Светлана Бахмина, управляющий делами ЗАО «ЮКОС-ЭП» Рамиль Бурганов и другие, неустановленные следствием лица.
Поскольку к тому времени следствием Генпрокуратуры уже был активно распространен опыт вменения в совокупности с хищением еще и такого особо тяжкого состава, как легализация (до 15 лет лишения свободы на тот момент), то в обвинении присутствовал и он. А «до кучи» следователи инкриминировали уклонение от уплаты личных налогов.
В обвинительном заключении, составленном по итогам предварительного следствия, его авторы приписали Алексаняну следующую роль: он со своими подчиненными Гололобовым и Бахминой разработал план и схему хищения акций и иного имущества ОАО «Томскнефть», определил юридических лиц в качестве подставных коммерческих организаций для передачи через них похищенных активов в управление и распоряжение организованной группы, обеспечил последующую их легализацию, определяя способы совершения финансовых операций и других сделок, и совместно с Невзлиным руководил действиями участников организованной группы во время совершения преступлений.
О дальнейших событиях много писалось в прессе, поэтому остановлюсь коротко на хронике развития событий. В следственном изоляторе у Василия Алексаняна обнаружился целый букет крайне опасных заболеваний, требовавших качественного лечения в надлежащих условиях специализированного медицинского учреждения. Понятно, что нахождение в условиях несвободы в данной ситуации не способствовало улучшению состояния здоровья. При этом освобождение Алексаняна из-под стражи в планы властей не входило, да и с медицинской помощью они не особенно спешили.