Его друг и одновременно защитник Геворг Дангян со слов подзащитного затем так описывал условия содержания в следственном изоляторе: «В его камере было жутко холодно, Алексанян год спал одетый. Плесень, грибок. По стенам текла вода. Алексанян говорил, что эти стены помнят еще Берию и Абакумова. Для человека с низким иммунитетом это был приговор. И так как лечение ВИЧ-инфекции так и не было начато, в июне 2007 года ему резко стало хуже: постоянно и сильно болела голова, горло, распухшие лимфатические узлы на шее. Алексаняну было невыносимо больно…» (Московский комсомолец, 22 мая 2012 г.).
27 декабря 2007 года Василий Алексанян выступил с обращением к журналистам и правозащитникам, которое распространили фонд «В защиту прав заключенных» и информационное агентство «За права человека». В этом обращении, озаглавленном «Российские власти поставили меня на край могилы», он описал свои злоключения, указав, что не получает жизненно необходимой ему химиотерапии и не имеет возможности лечиться в специализированной гражданской клинике, куда был поставлен на учет в связи с обнаруженным у него заболеванием. «При этом я предпринял все от меня зависящее, чтобы добиться проведения химиотерапии… Но лечение так до сих пор начато и не было. Более того, следствие, признавая правомерность моих требований об обеспечении условий лечения, не только не предприняло никаких действий в этом направлении, но и совместно с СИЗО препятствовало моему доступу к лечащему врачу и врачам – специалистам из гражданской клиники. Закономерным результатом такого развития событий явилось существенное ухудшение моего физического состояния, переход заболевания в более тяжелую стадию, развитие ряда других заболеваний, таких как опухоль печени и лимфатических узлов».
Завершая этот трагический крик о помощи, Алексанян по сути выносит приговор своим мучителям: «В результате незаконного почти двухлетнего содержания в тюрьме еще до суда я, будучи практически слепым, доведен до критического предсмертного состояния сознательными, хорошо спланированными совместными действиями прокуроров, следователей, судей и тюремных врачей. При этом все время не прекращались попытки сделать меня лжесвидетелем и получить от меня показания, порочащие других руководителей компании НК “ЮКОС”, в обмен на изменение мне меры пресечения по состоянию здоровья, то есть фактически в обмен на жизнь. Это немыслимо в XXI веке, но происходит в реальности под завесой замалчивания, сокрытия фактов и лжи».
Европейский суд по правам человека дважды требовал от России принятия оперативных мер для исправления крайне опасной ситуации, но успехов в этом не достиг. Вот что было затем указано в постановлении от 22 декабря 2008 года по делу «Алексанян против Российской Федерации»: