Затем верхом на муле св. Нектарий отправился в Свято-Троицкий монастырь. По дороге остановился перед камнем с высеченным на нем крестом. Собрав последние силы, он спешился и снова сотворил коленопреклоненную молитву. Нектария внимательно за ним наблюдала. Устремив взор к небесам, он, казалось, полностью отрешился от всего земного. В таком состоянии Святитель пребывал довольно долго. Молодая монахиня решила, что с ее духовным отцом что-то случилось. Взволнованная, она коснулась его плеча.
— Ты прервала мою молитву, — сказал он ей.
Затем он отер слезы, взглянул на свою обитель, видневшуюся на горизонте, и добавил:
— В последний раз благословляю мой маленький монастырь и всех христиан острова, потому что очень скоро мне надлежит уйти.
Удивленная его словами, простодушная Нектария, вспомнив о вопросе апостолов, спросила его:
— А куда ты уйдешь?
— На небо! — ответил Святитель.
Господь только что открыл Своему рабу, что наступает время его кончины.
По возвращении в Свято-Троицкий монастырь он лег в постель, чего с ним не случалось с очень давних пор, ибо он преодолел потребность в сне. Болезнь его обострилась до такой степени, что, по настоянию сестер, он все же согласился поехать на лечение в Афины.
В сопровождении двух монахинь сестра Евфимия привела днем 20 сентября 1920 г. маленького одетого в рясу старичка, мучившегося от страшной боли, в больницу. Служащий запросил обычные сведения для заполнения больничной карточки.
— Он монах? — спросил он.
— Нет, — ответила монахиня, — он епископ.
Служащий иронически улыбнулся и сказал:
— Хватит шутить. Назови мне его имя, мне надо заполнить больничную карточку.
— Но я же говорю тебе, миленький, что это — епископ. Он — Митрополит Пентапольский...
— Впервые вижу епископа без панагии, золотого креста, а главное — без денег.
— И тем не менее, это — епископ, терпеливо объясняла сестра Евфимия. — Он — митрополит Пентапольский из Александрийского Патриархата, Его Высокопреосвященство митрополит Нектарий Кефала. Он давно уехал из Египта и жил неподалеку отсюда, когда возглавлял Богословскую школу. Несколько лет тому назад он приехал на Эгину, где основал небольшой монастырь во имя Святой Троицы, в котором и жил. Там он тяжело заболел, и мы привезли его сюда против его воли.
Служащий пожал плечами и велел санитарам уложить больного в третьеразрядную палату, в которой было несколько свободных кроватей для неизлечимых больных. “Маленький старичок” провел два месяца в ужасных страданиях, не переставая воздавать хвалу Богу и благодарить Его.
Измученный лихорадкой, вконец обессиленный, в воскресенье, 8 ноября 1920 г., в 22 часа 30 минут, в день празднования Собора Архистратига Божия Михаила и прочих Небесных Сил бесплотных, причастившись Святых Христовых Тайн, он с миром отошел ко Господу. Ему едва исполнилось 74 года.