Одной из сложных проблем, связанный с возрождением российского ислама является подготовка кадров духовенства и богословов, в которых нуждаются большинство мусульманских общин. Крупным центром подготовки исламских кадров наряду с Исламским университетом является Высший исламский колледж Исламского центра Москвы и Московской области. В подготовке исламского духовенства принимают участие и религиозные учебные заведения Саудовской Аравии, Турции, Египта. В Москве, Набережных Челнах, Нальчике организованы специальные курсы по изучению арабского языка и исламских наук.
В настоящее время крупнейшей региональной исламской структурой является мусульманская община Москвы и Московской области, где проживают 1100 тысяч мусульман, в том числе более 700 тысяч – в Москве. Кроме татар (400 тысяч) в состав московской мусульманской общины входят чеченцы, азербайджанцы, аварцы, представители других мусульманских народов России, а также живущие в Москве выходцы из арабских и других мусульманских стран, представители дипломатического корпуса. Меджлис мусульман Центральной России учредил на базе Исламского центра Москвы и Московской области самостоятельную конфессиональную структуру – Духовное управление мусульман Центрально-Европейского региона России – Московский Муфтият. Каноническая территория нового муфтията охватывает Московскую, Владимирскую, Нижегородскую, Калужскую, Ивановскую, Костромскую, Тульскую, Тверскую, Калининградскую, Ярославскую области, а также город Сочи Краснодарского края. Целью создания нового духовного управления является улучшение управления религиозной жизнью российских мусульман, поскольку ввиду многократного роста количества мусульманских общин управлять ими из одного центра становится все более и более сложнее.
Проведена перерегистрация Духовного управления мусульман европейской части СНГ и Сибири. Сейчас управление имеет новое название – Центральное Духовное управление мусульман в европейской части России, Сибири, Беларуси, странах Балтии. Происходит также региональное структурирование российских мусульманских общин, создаются местные духовные управления – мухтасибаты во главе с имамами – мухтасибами, объединяющие мусульманские общины в границах областей, краев и республик.
Религиозная жизнь мусульман, как и в начале XX века, стала более активной.
Сегодня исламские духовные авторитеты способствуют выработке новых взглядов на проблемы политики, экологии, межгосударственных и межнациональных связей. Заметно усилилось влияние ислама на общество, и особенно на подрастающее поколение. Руководство мусульманской общины выступает с миротворческими предложениями, связанных с конфликтными ситуациями в некоторых регионах России, участвуют в разработке государственных законов и т. д. Большой резонанс среди мусульман России получил визит в Москву главы шиитской общины исмаилитов Карим Ага-хана в начале 1995 года. Инициатор многих гуманитарных проектов в странах Азии и Африки по время встречи с мусульманской общественностью столицы выразил готовность сотрудничеству в сфере образования и науки.