Кружком Ишутина занялись особо. Надо признать: следствие хорошо поработало. Десятки свидетелей допрошены, многие арестованы. Ишутинцы стали давать показания. Особенно усердствовали двое: Игнатий Корево и Осип Мотков. Выяснилось, что у Ишутина и Каракозова был в Питере приятель, молодой, но начинавший приобретать известность литератор «прогрессивного» направления, Иван Худяков. Не так давно Худяков ездил за границу, где установил контакты с русскими эмигрантами и тамошними социалистами. После его возвращения деятельность кружка, дотоле ограничивавшаяся разговорами на вольные темы да наивными попытками создания коммун в духе «сна Веры Павловны», потекла в ином направлении. Появляется тайная организация с пугающим названием «Ад». Даже что-то вроде программы оказалось, правда, очень невнятное: «Создавать кружки…», «намекать, что существует что-то такое…», «располагать жизнью каждого из членов в случае измены или намерения изменить». Цель: «Низвергнуть существующий порядок вещей и установить социальную республику».
Ситуация прояснялась. В кругу Ишутина и Худякова вынашивались революционные планы, возможно, связанные с «Европейским революционным комитетом» (то, что этот комитет – миф, вымысел Худякова – не знали тогда ни арестанты, ни следователи). Под влиянием нигилистических идей Ишутина и Худякова впечатлительный и не совсем здоровый Каракозов проникся намерением осуществить цареубийство. В начале Великого поста, в феврале 1866 года, он, втайне от товарищей, отбыл в Петербург. Купил пистолет. На протяжении всего поста писал прокламации и готовился к решительному деянию. Напряжение росло, Каракозов пребывал на грани нервной горячки. Это болезненное состояние заметил добрый доктор Кобылин и прописал пациенту лекарства (несколько странные, правда…). Настала Пасха, прошла Светлая седмица. 3 апреля – неделя уверения Фомы: «…аще не вижу на руку его язвы гвоздинныя, и вложу перста моего в язвы гвоздинныя, и вложу руку мою в ребра его, не иму веры». Каракозов решился.
Туман загадок
К середине июля расследование было закончено. Суд совершался с 18 по 24 августа. 31 августа оглашён приговор Каракозову: смерть через повешение. (Спешили, чтобы успеть сделать самое неприятное до приезда в Петербург датской принцессы, невесты наследника престола.) 1 сентября Каракозов написал прошение о помиловании: «Преступление моё выше всякой меры, оно так ужасно, что я, Государь, не смею и думать о малейшем хотя бы смягчении заслуженного мной наказания. Но клянусь, Государь, в последние минуты, что если бы не ужасное болезненное состояние, в котором я находился со времени моей тяжёлой нервной болезни… я не совершил бы этого ужасного преступления. А теперь, Государь, прошу у Вас прощения как христианин у христианина и как человек у человека». На прошении сверху Александр II карандашом начертал: «Лично я в душе давно простил ему, но как представитель верховной власти, я не считаю себя вправе прощать подобных преступников». Каракозов был повешен 3 сентября на Смоленском поле. Казалось бы, всё.