Турецкое завоевание Ближнего Востока и Балкан (XV в.) прервало миссионерское распространение Православной Церкви. На протяжении Средних веков ислам и христианство противостояли друг другу только военной силой, и победа ислама означала, что христиане могут выживать лишь на территориях, окруженных владениями турок, и законом им был запрещен прозелитизм среди мусульман.
Одна лишь Русская церковь была в состоянии продолжать традиции свв. Кирилла и Мефодия, и она делала это почти без перерыва вплоть до сегодняшнего дня. В XIV столетии св. Стефан Пермский перевел Писание и богослужение на язык финского племени, живущего на русском Севере, и стал первым епископом зырян. Экспансия Российской империи в Азии сопровождалась усилиями по ее евангелизации — иногда в противовес официальной политике русификации, практикуемой правительством Санкт–Петербурга, последуя кирилло–мефодиевским образцам. Этот метод перевода применялся в миссии среди татар на Волге в XVI в. и среди различных народов Сибири на протяжении XVIII и XIX вв. В 1714 г. была основана миссия в Китае. В 1794 г. монахи Валаамского монастыря достигли Аляски; их духовный лидер, монах Герман, был канонизирован Православной Церковью в 1970 г.
Миссия на Аляске осуществлялась под руководством скромного священника, посланного в Америку из Восточной Сибири, Иоанна Вениаминова. В течение своей долгой жизни в Америке, сначала как священник, а потом как епископ (1824–1868), он трудился над переводом Евангелия и богослужения на языки алеутов, индейцев и эскимосов Аляски.
В Японии местная Православная Церковь была основана недавно канонизированным архиепископом Николаем Касаткиным († 1913). Полностью национальный характер этой церкви сделал ее способной пережить политические испытания Русско-Японской войны (1904–1905), русской революции и Второй Мировой войны. Новая Православная Церковь Японии получила полную автономию от Русской церкви в 1970 г.
Миссионерские традиции сохранилась и в Греции. Различные греческие организации посвятили себя продолжению миссионерской работы в Восточной Африке, где значительные группы местного населения недавно приняли православие.
Православие и другие христиане
Со времен неудачи Флорентийского собора (1439) никаких официальных попыток восстановить единство между Православной Церковью и римским католицизмом не предпринималось. В 1484 г. православный собор определил, что римо–католики, если они хотят присоединиться к Православной Церкви, должны быть принимаемы через миропомазание (или конфирмацию). Однако в XVII в. отношения ухудшились настолько, что Вселенский патриарх Константинополя объявил все римо–католические и протестантские таинства (включая крещение) недействительными. Подобный же подход преобладал и в России вплоть до XVIII в., когда большое количество католиков восточного обряда («униатов») были приняты обратно в лоно Православной Церкви через простое исповедание веры, и эта практика стала применяться также и по отношению к римо–католикам.