Лишенный военной поддержки могущественной империи, патриарх Константинопольский был, конечно, неспособен удержать свою юрисдикцию над церквами Болгарии и Сербии, которые добились независимости в годы латинской оккупации. В 1346 г. Сербская церковь даже провозгласила себя патриархатом; в 1375 г., после недолгого протеста, Константинополь согласился его признать. На Руси византийская церковная дипломатия была вовлечена в тяжелый гражданский раздор: между великими князьями Москвы и Литвы, каждый из которых стремился стать во главе освобожденного от монгольского ига Русского государства, началось ожесточенное противостояние. Резиденция «митрополита Киевского и всея Руси» к этому времени находилась в Москве, и подчас, как это было с митрополитом Алексием (1354–1378), он играл решающую роль в работе московского правительства. Церковная поддержка Москвы стала определяющей в конечной победе москвичей и имела отчетливое влияние на последующую русскую историю. Недовольные западнорусские княжества (которые позже образовали Украину) могли лишь добиться — при сильной поддержке их польских и литовских повелителей — временного назначения самостоятельных митрополитов в Галиции и Белоруссии. Впоследствии, в самом конце XIV в., митрополиту, находившемуся в Москве, снова удалось достичь централизации церковной власти в России.
Отношения с Западной церковью. Одной из главных причин, стоящих за этой мощной борьбой в северной части византийского мира, была проблема взаимоотношений с Западной церковью. Для большинства церковных людей в Византии молодое Московское княжество представлялось более надежным оплотом православия, нежели западно–ориентированные князья, подчинявшиеся католической Польше и Литве. Однако в самой Византии существовала влиятельная политическая партия, предпочитавшая союз с Западом, — в надежде, что будет предпринят новый крестовый поход против турецкой угрозы. Церковное единство было фактически самой острой проблемой на протяжении всего царствования Палеологов.
Императору Михаилу Палеологу (1259–1282) пришлось столкнуться с агрессивными притязаниями Карла Анжуйского, короля норманнского Сицилийского королевства, мечтавшего о восстановлении в Константинополе латинской империи. Дабы получить необходимую поддержку папства против Карла, Михаил послал пролатинское исповедание веры папе Григорию X, и его посланники заключили унию с Римом на Лионском соборе (1274). Эта капитуляция перед Западом, инициированная императором, почти не получила одобрения со стороны церкви. Михаилу удалось поставить над Константинопольской церковью Восточного католического патриарха Иоанна Векка, но после смерти императора православный собор осудил унию (1285).