Несмотря на все эти очевидные недостатки, церковь сохраняла свое самосознание, а такие выдающиеся представители епископата как Филарет Московский (1782–1867) способствовали развитию образования, богословских исследований, библейских переводов и миссионерской работы. В каждой из 67 епархий Русской Церкви были созданы семинарии для подготовки священников и учителей. Кроме того, четыре Духовные академии, или высшие школы, были основаны в главных городах империи: Москве (1769), Санкт–Петербурге (1809), Киеве (1819), Казани (1842). В целом они предоставляли возможность блестящего богословского образования как для русских, так и для иностранцев. Однако жесткая сословная система и строго профессиональный характер этих школ были значительным препятствием для их серьезного влияния на общество в целом. Голос церкви достигал образованных слоев общества скорее благодаря монастырям и их духовности. Более авторитетное, нежели суровая дисциплина больших монастырских общин, пророческое служение старцев, ставших живым примером норм христианской жизни, советчиками и духовниками, привлекало как множество простого народа, так и интеллигенцию. Одним из них был прп. Серафим Саровский (1759-1833), живший в соответствии с правилами древней исихастской традиции, возрожденной в русских лесах. Старцев Оптиной пустыни — прпп. Леонида (1768–1841), Макария (1788–1860) и Амвросия (1812–1891) — посещали не только тысячи простых верующих, но и такие писатели как Николай Гоголь, Лев Толстой и Федор Достоевский. Именно старцы вдохновили Достоевского на создание образов монахов — например, Зосимы в «Братьях Карамазовых». В среде сложившейся группы православных интеллектуалов–мирян стало зарождаться живое, хотя и менее научное, нежели в академиях, богословие. В конце XIX в. огромное влияние богословов-мирян, например, Алексея Хомякова (1804–1860), входившего в кружок славянофилов до того, как этот кружок приобрел политическую окраску, способствовало обращению в православие таких видных марксистов, как Сергей Булгаков (1871–1944) и Николай Бердяев (1874–1948).
В то же время при поддержке Казанской Духовной академии продолжалась миссионерская деятельность преимущественно среди мусульман. К 1903 г. в Казанской губернии богослужение совершалось более чем на двадцати языках. Координировала эти усилия Православная Духовная миссия. Архиепископ Николай Касаткин (1836–1913), прославленный в лике святых в 1970 г., основал местную церковь в Японии. Женатый священник Иоанн Вениаминов в 1824 г. был послан на Аляску продолжать дело первой миссии. Начатая им работа среди' алеутов, эскимосов и индейцев–тлинкитов про–должается и по сей день. Под именем Иннокентия Вениаминов стал первым православным епископом на американской земле (1840).