Однако в годы Второй Мировой войны в сталинской политике по отношению к церкви произошла разительная перемена. Сергий был избран патриархом (1943), и «обновленческий» раскол сошел на нет. При преемнике Сергия патриархе Алексии (1945-1970) церковь смогла открыть 25 000 храмов, число же священников в ней достигло 33 000. Правда, во время новой антирелигиозной кампании, развернутой главой правительства Н. Хрущевым в 1959–1964 гг., число действующих храмов снова сократилось менее чем до 10.000.
После кончины Алексия и избрания новым патриархом Пимена (1971) будущее церкви остается по–прежнему неопределенным. Несмотря на более чем пятидесятилетнюю антирелигиозную пропаганду, церковь до сих пор пользуется поддержкой миллионов людей, хотя ее лидеры вынуждены, в целях выживания, демонстрировать полную поддержку властям.
Балканы и Восточная Европа. Принеся гибель турецкой, австрийской и российской империям, Первая Мировая война привела к значительным переменам в структуре Православной Церкви. На западных границах Советского Союза в новообразованных республиках Финляндии, Эстонии, Латвии и Литве православное меньшинство объявило себя автономными церквами. Первые три ушли под юрисдикцию Константинополя, а Литовская епархия номинально осталась под властью Москвы. В Польше, где теперь жило несколько миллионов белорусов и украинцев, Вселенский патриарх, несмотря на протест патриарха Тихона, учредил автокефальную церковь (1924). После Второй Мировой войны эстонская, латвийская и литовская автокефалии были упразднены, а Православная Церковь Польши вернулась под юрисдикцию Москвы и позже вновь была объявлена автокефальной (1948).
Еще более значительные преобразования имели место на Балканах. Пять групп сербских епархий (Черногория, патриархат в Карловцах, Далмация, Босния–Герцеговина, Старая Сербия) были объединены в 1920–1922 гг. под властью единого Сербского патриарха с резиденцией в Белграде, столице новой Югославии. Схожим образом в 1925 г. румынские епархии Молдавии–Валахии, Трансильвании, Буковины и Бессарабии сформировали новый патриархат Румынии. Наконец, в 1937 г., после некоторого напряжения и кратковременного раскола Константинопольский патриархат признал автокефалию церкви Албании.
После Второй Мировой войны в балканских странах были установлены коммунистические режимы. Однако попыток полного уничтожения церквей, подобных гонениям в России 1920–х и 1930–х гг., не было. И в Югославии, и в Болгарии закон отделил церковь от государства. В Румынии же, как это ни парадоксально, Православная Церковь оставалась законно связанной с коммунистической властью. Сербская церковь, достойно проявившая себя в борьбе с немецкими фашистами, сумела сохранить больше независимости от властей, нежели ее сестринские церкви в Болгарии и Румынии. В целом, однако, все балканские церкви предпочли позицию лояльности новому режиму, следуя примеру Московского патриархата. Этой ценой они смогли сохранить небольшое количество богословских школ, изданий и возможность открыто совершать богослужения. То же относится и к православному меньшинству в Чехословакии, которое в 1951 г. Московский патриархат объединил в автокефальную церковь. Лишь в Албании коммунистическая власть вслед за культурной революцией 1966–1968 гг. объявила о полном уничтожении всех религиозных организаций.